狂犬病毒的进化——

大型学术专著《狂犬病》最新版新增的一章

目前国际上关于狂犬病最权威最全面的大型学术专著《狂犬病的科学基础和管控（RABIES: SCIENTIFIC BASIS OF THE DISEASE AND ITS MANAGEMENT）》，简称《狂犬病(Rabies)》。该书被誉为有关狂犬病的百科全书。该书初版于2002年，第2版和第3版分别出版于2007年和2013年。其最新版（第4版）于2020年5月出版，共有22章，732页。与前一版相比，最新版新增了两章，体现了近十年来狂犬病研究领域的重要进展。

原书内容丰富，本博客在过去三年多的时间里曾陆续对此书的部分内容进行过译介。今天开始译介此书较旧版新增的两章之一：第３章－狂犬病毒的进化。

本章目录：

3.1 概述

3.2 狂犬病毒在稳定的宿主－病毒关联中的微观进化动力学

3.3 狂犬病毒的宏观进化动力学

3.4 适应性进化在跨物种传播中作用的证据：调和（Reconciling）毒株

3.5 进化数据在狂犬病预防和控制中的应用——遗传学作为传播的标签

3.6 结论

第３章－狂犬病毒的进化(1)

3.1 　概述（Introduction）

狂犬病毒(RABV)在一个极端和矛盾的领域中茁壮成长，挑战了我们对病毒如何在自然和新宿主中进化和维持传播的看法。RABV是普遍致命的，但它却能够维持自身的持续存在，而且不会导致其宿主蝙蝠和食肉动物的种群灭绝，这些宿主通常寿命长，繁殖缓慢。

RABV具有感染任何哺乳动物物种的生物学能力，在自然界中很容易观察到跨物种传播事件，但不同的病毒变种依赖于单一宿主物种进行独立的长期延续。最后，尽管宿主在生态时间尺度上具有明显的特异性，但RABV的进化史主要是由蝙蝠和食肉动物内部和之间的宿主转移所主导的(图3.1)。

这种在新宿主物种中建立传播周期的可能性在很大程度上仍然是不可预测的。RABV通过非分段的单链基因组实现了这些看似不可能的壮举，该基因组约有12,000个核苷酸，仅编码5个基因(N, P, M, G和L)。此外，像许多其他RNA病毒一样，RABV的分子进化天生就受到限制。病毒编码的RNA聚合酶缺乏校对机制导致自发突变率很高(Drake, 1993)。

虽然这些突变可能提供了一个可供选择的多样化的遗传变种群体，有时被称为“准种（quasispecies”）”或“突变谱系”（mutant spectrum)，但大多数突变将是有害的和多效的。因此，尽管不断产生新的遗传多样性，但在RABV中，适应性进化的途径可能受到高度限制(Holmes, Woelk, Kassis，& Bourhy, 2002)。如此极端的生命史、小基因组和进化受限的病毒是如何成为对人类和动物健康的全球性威胁的?

本章旨在综合允许狂犬病在全球传播并在不同宿主中建立传播周期的所有进化事件。我们回顾了病毒基因组水平上的微观进化变化和解释新病毒变异起源的宏观进化模式，并讨论了丽沙病毒，特别是RABV的最终进化起源。

然后，我们讨论了围绕RABV的几个进化之谜：如何利用传统的适应性遗传测量方法来协调适应性进化缺乏强有力的证据，以及自然界中宿主特异性所隐含的对适应性进化的明显要求?RABV必须克服哪些适应性障碍才能在新物种中持续传播？最后，我们讨论了RABV的进化如何为野生和家养动物宿主的RABV预防和控制提供信息。 

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