整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律（1）

（Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus）

法国巴斯德研究所等机构的Holtz等今年7月在国际权威科学杂志《自然通讯（Nature Communications）》发表研究论文（见参考文献），利用狂犬病毒基因组的全部和部分序列来分析历史上的狂犬病毒在国家之间的传播，产生了精确的年代测定和对其地理分布的可靠估计。

现分若干次译介此文，供国内关心犬狂犬病流行和控制的各界人士参考。 

摘要

尽管病毒基因组测序迅速发展，但由于大量的部分序列数据未得到充分利用，统计方法在处理历史上的病毒性地方流行病方面面临挑战。作者提出了一个系统发生管道（pipeline），利用病毒基因组的全部和部分序列来分析历史上的病原体在国家之间的传播。将此方法应用于狂犬病毒(RABV)，产生了精确的年代测定和对其地理分布的可靠估计。通过使用全部和部分基因组序列，可以减少地理和遗传方面的偏差，这些偏差通常会阻碍对特定基因的研究。

此项研究揭示了目前犬介导的RABV在1301年至1403年之间的出现，并揭示了各个区域超过700年的引入期。这种地理重建使我们能够定位人类介导的RABV引入的场景，并检查欧洲殖民进程在其传播中所起的作用。该方法能够对其他许多病毒病原体的大型和遗传上高度多样化的数据集进行系统地理学分析。

 概述（1）

调查病毒出现动态的研究对于为流行病学决策提供信息至关重要。全基因组测序已成为关注现代流行病/大流行的系统发生研究的常规，例如最近的SARS-CoV-2（新冠病毒）大流行。另外，许多人畜共患病病原体的部分基因组序列已陆续提交了几十年，总数量远远超过了全基因组序列(WGS，whole-genome sequences)的数量。这些被忽视的人畜共患疾病——如由西尼罗河（West Nile）病毒、狂犬病毒和拉沙（Lassa）病毒引起的疾病——没有得到公共卫生官员足够的重视，导致资金有限，而且只专注于对病毒基因组的某些部分进行测序，特别是在涉及非人类宿主的情况下。与单基因序列相比，全基因组序列(WGS)包含更多的突变，并提供更高的系统发生分辨率。利用大量遗传数据(WGS和类似的部分序列数据)的新模型和新方法的发展，可能会使人们对流行病起源、地理传播和隐性传播等病原体控制相关机制有更深入的了解。

在这些病原体中有狂犬病毒(RABV)，这是记录最充分的人畜共患病毒之一，它是许多地方流行病的罪魁祸首，估计每年导致59,000人死亡。RABV可能是非常独特的，它居然能在多种多样的哺乳动物中传播了数千年之久，尽管99%的人类病例是由家养狗传播引起的。西欧大部分地区已无狂犬病，但全球仍有109个国家在与这种致命疾病作斗争。通过宠物输入、前往狂犬病流行地区旅行以及野生动物传播，RABV再次出现的风险是持续存在的，这强调了全球需要在狂犬病控制方面开展“同一个健康（One Health）”、多学科和多国共同努力。流行病控制和预防的规划通常依赖于系统发生分析，通过估计RABV谱系来推断狂犬病传播的时空特征，从而制定犬疫苗接种的策略。这取决于全球在样本收集和测序方面的努力。

（未完待续）

参考文献：

Holtz, A., Baele, G., Bourhy, H. et al. Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus. Nat Commun 14, 4247 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-39847-x