背景

 在使用3dDNA和juicerbox进行辅助挂载的过程中最终绘图一直没有找到很好的办法，最后找到一个项目但是速度太慢了，画个图需要三天，重写了一个小工具用于转换结果为bin matrix矩阵（1.后续会直接利用.hic和assembly文件生成matrix，这样可能更快，2.程序部分模块还没有实现多线程或者异步运行，前期读取文件会有点慢，但是最近没时间，以后有时间再写吧）

前置流程

利用3D-DNA流程组装基因组_徐洲更hoptop的博客-CSDN博客

如何使用Juicebox 对juicer和3dDNA运行后的HiC结果进行可视化编辑

还有很多大佬都讲过我就不一一赘述了

使用

经过无数遍的juicerbox手动调整后，我们得到了genome.final.review.assembly

初级绘图

https://github.com/Atvar2/plotHicGenome

最初找到了这个项目，用于3ddna 和 juicerbox结果绘图，但是太慢了，120G的压缩nodup文件用了整整三天以上，画一张图又得等三天，实在受不了了（内心：#*&&%￥￥#￥*@#！￥）。。。。。

plotHicGenome juicer ./test_merged_nodups.txt.gz ./genome.final.review.assembly -W whole -n 7 -s True -l t -F 4 -r 500000 -X 2 -w 0.5 -d 3 -S 'dashed' -i 300 -z 6,6 -C 'black' -L 0.8 -A 0.8 -B  '1%' -D 0.2 -o Juicerbox.pdf -R ./test

加速绘图

分析后发现软件的瓶颈在转换为matrix这一步上，于是我重写了一个软件：

https://github.com/yukaiquan/biotools/tree/main/Hic/juicerbox2matrix

转换

juicerbox2matrix -h

juicerbox to matrix v0.0.1
juicerbox2matrix 0.0.2
Yu kaiquan <1962568272@qq.com>Convert juicerbox output to bin matrix

USAGE:
    juicerbox2matrix_wsl [OPTIONS] --input <FILE> --assembly <STRING> --output directory <FILE> --chr_num <INT>FLAGS:
    -h, --help       Prints help information
    -V, --version    Prints version information

OPTIONS:
    -a, --assembly <STRING>          assembly file is from juicerbox output file
    -b, --bin <INT>                  bin size for matrix (default: 500000) [default: 500000]
    -c, --chr_num <INT>              chromosome number
    -i, --input <FILE>               nodups.txt/nodupe.txt.gz file
    -o, --output directory <FILE>    output directory
    -t, --threads <INT>              threads number (default: 1) [default: 8]# examplejuicerbox2matrix -a ./genome.final.review.assembly -c 8 -i ./test_merged_nodups_test.txt.gz -o test -t 32

绘图

一定要加-H参数才使用已有的matrix

plotHicGenome juicer ./test_merged_nodups.txt.gz ./genome.final.review.assembly.assembly -H ./test/Hicmatrix -W whole -n 7 -s True -l t -F 4 -r 500000 -X 2 -w 0.5 -d 3 -S 'dashed' -i 300 -z 6,6 -C 'black' -L 0.8 -A 0.8 -B  '1%' -D 0.2 -o Juicerbox.pdf -R ./test

感谢

https://github.com/Atvar2/plotHicGenome

https://github.com/aidenlab/juicer

先这样用吧，图的样式后期再在软件里面增加，现在就不加绘图功能了，先用现成的项目

项目地址再加一遍

https://github.com/yukaiquan/biotools/tree/main/Hic/juicerbox2matrix