燕麦属基因组序列截取

作者：yukaiquan

邮箱：1962568272@qq.com

背景

想要从燕麦属基因组（裸燕麦三分三、皮燕麦Sang、皮燕麦3098...）中截取序列（单序列、多序列、上下游...），但是又不想使用命令行，如何快速截取指定基因组序列？

方法

找到页面

打开www.waooat.cn，如下图所示：

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持续开发中

可以点击Hot Tools中的Get Sequence，也可以点击导航栏中OatBioDB Tools中的Get Sequence

截取序列页面

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分为左中右三个部分，操作主要在左侧

支持的基因组如下：

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单序列截取

进入的页面为单序列截取，支持两种截取模式Position和Gene Name（准确来说应该是转录本名称）

根据位置进行截取

示例如下：

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作者在开发环境所以选择的是test基因组

根据基因ID进行截取

准确的说是根据转录本id进行截取，一个基因对应多个转录本，各转录本序列是不一样的。支持CDS、蛋白、全长进行截取，上下游截取（截止写文时作者还没测试完）

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多序列截取

对于大批量序列截取（这里说的是大批量但不是整条染色体截取，考虑服务器带宽最大目前只支持10MB序列），截取该页面入口在上文单序列截取下方Get Muilti Seqs，点击：

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这里支持以下几种截取模式：

1. Genome 基因组坐标 eg: chr1A:1-1000

2. CDS eg: A.satnudSFS4D01G000036.1

3. PEP eg: A.satnudSFS4D01G000036.1

4. UPstream eg: A.satnudSFS4D01G000036.1

5. Downstream eg: A.satnudSFS4D01G000036.1

格式如上逐行进行写入，主要不用有特殊字符之类。支持txt文本文件拖拽或点击附件文本框进行读取

结果

其实结果没有什么好讲的，支持一键COPY和Download，如果序列较多建议点击下载按钮

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快捷链接

单序列截取快捷链接

多序列截取快捷链接