作者：yukaiquan

邮箱：1962568272@qq.com

背景

Jbrowse2是一个支持浏览器查看多组学数据（bam,vcf,hic...）等的工具（当然也可以本机安装一个IGV进行查看），为了省去安装软件的麻烦，这里我们基于react封装了一个在线版本的Jbrowse2，更流畅，更美观

目前公网释放的链接很多功能还未上线，我们正在逐步释放，有任何问题请联系作者邮箱

方法

打开燕麦组学在线平台：

OatBioDB​www.waooat.cn/

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点击导航栏的Genome

进入如下页面：

点击指定基因组的Click Me，显示Jbrowse按钮，点击即可跳转至对应基因组的浏览器（注：浏览器有IDM下载器插件记得关掉，不然会出bug）

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基因组浏览器

左侧支持检索该基因组的基因（转录本）可点击搜索框左侧三条横线即可生成示例

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搜索指定基因名称即可跳转至对应基因，如下：

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可以点击基因查看序列信息，左右拖动放大等等都可以操作

加载多组学数据

这里我们以bam文件为例只是一个几百GB的重测序数据

1. 点击Jbrowse左上角三横线，点击页面中的add track

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2.选择加载的类型（本地和云链接）

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3.这里我们选择本地需要bam文件和对应索引文件bai或者csi

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4.之后一路next，看不到内容可放大，Jbrowse各种边框都可以调节

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5.再放大，对于这个高深度重测序材料1号基因上存在一个纯合G突变

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6.还有很多玩转方法，后续再介绍吧

相关链接

放一个三分三的Jbrowse快捷链接：

结语

平台对外版本各功能正在陆续上线，带来不便敬请谅解！如有bug和建议请联系邮箱：1962568272@qq.com

下一篇讲讲 燕麦基因组序列基因序列蛋白序列上下游序列等截取吧~~~这部分功能还在测试中，即将上线