肠道微生物与其寄主存在密切的信息交流。

可以想象为这样一幅画面，肠道中的每一个微生物都手持一个信号接收器，以接收其在肠道中的能量供体信息，然后将这部分信息通过自身代谢转化为化学信号，再传递给所寄生的生物体。肠道微生物所接收的其能量供体的信息又来源于所寄生生物个体的能量供体在环境中的信息，即生物个体所在环境中的能量供体的信息在肠道内被转化为肠道微生物的能量供体的信息，然后经肠道微生物的代谢作用转化为所寄生生物体可响应的其能量供体在环境中的信息。或者说，生物个体所介导的环境能流信息先被转化为肠道环境中的微生物所介导的能流信息，然后再转化为生物个体所能响应的其所介导的能流信息。 

对于我们人类而言，如果把人体比作是一个原电池，肠道微生物就是“负极”，线粒体就是“正极”，食物就像“还原剂”，食物中的电子经肠道微生物、人体细胞、细胞内的线粒体、电子传递链，最后传递给氧气，食物与氧气之间的能势差是电子流动的原动力。所以，肠道微生物也是人体感知环境的信息桥梁，是人体感应环境变化的信息枢纽。

综上所述，肠道微生物是生物个体与环境之间的信息桥梁。肠道微生物的存在使得生物体对环境能流的响应更快，利于生物体因环境改变而对自身的能量传递能力做出及时且有效的调整，避免了生物因环境的骤变而引发的灭绝。肠道微生物是影响生物进化的一个重要因素，在一定程度上，甚至是生物进化的限制因素。