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1、问题描述:生物信息学人员在国内下载NCBI上的GEO数据(尤其是已G为单位的FASTQ数据)经常出现下载慢、中途中断等问题,导致下载困难或无法下载。
2、解决思路:通过中国的国家基因组科学数据中心检索到拟下载数据在EBI或DDBJ数据库上的储存地址,借助迅雷等下载软件从EBI或DDBJ数据库下载。
3、实战方案(以下载GSE48055数据为例):
(1)登录中国的 国家基因组科学数据中心 (cncb.ac.cn),直接搜索“GSE48055”
(2)在结果界面上点击"EBI Database"面板,进入EBI的Study (Read/Analysis)界面下载。
(3)在EBI的Study (Read/Analysis)界面及其链接界面中,可以找到如下下载界面和地址。直接复制黏贴给迅雷等下载工具下载即可。
该方法避开了大家都从最为熟知的NCBI下载数据而导致网络繁忙等各种问题,具有下载速度快、下载稳定的优点。
该方法基于的认知:NCBI、EBI、DDBJ三个数据库的数据实时共享(张长青等,园艺植物分子育种相关生物信息资源及其应用,2005)
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