Pymol是伟大的三维结构显示软件，于2009年被收购并完成商业化。好在该公司遵循守则仍然提供部分代码以让广大用户使用开源版本。Pymol版本众多，包含企业版（收费），政府版（收费：$199/年/人），学术/非营利版（收费：$99/年/人），教育版（无出版权限，即不可以用来发文章，也无光线追踪渲染功能，不可以Ray来获得高质量出版图片）。除了上述由该收购公司提供的版本还有开源版本（https://github.com/schrodinger/pymol-open-source），但该开源版本适用Linux系统，那么如何在windows上运行开源版本的Pymol呢？我们可以借助Anaconda软件，该软件是一个开源的Python和R语言的发行版本软件。

以下是安装步骤：

首先进入Anaconda官网（www.anaconda.com）下载该软件。 

注：这里说明了Python的版本，因为Pymol是基于Python衍生的，所以需要python环境。

也可以在安装好anaconda后，从开始菜单中运行Anaconda Prompt，属于python查看版本号，如下图所示：

可以修改默认安装路径，使其不安装在C盘，但要注意安装路径不要出现中文（D:\我的软件\anaconda，这样是不行的，应改为）D:\mysoft\anaconda或者D:\ anaconda）。

勾选上add path：

然后去网站（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/）下载最新的pymol开源扩展包的Windows二进制文件，以划线为例：

注：Pymol-2.6.0是其版本，cp39是我们安装python的版本，win64是指64位电脑，各位可以根据自己的实际情况下载.whl文件。笔者这里就下载红框文件。

由于需要numpy+mkl and PMW环境，因此需要按照如下方法进行配置安装： 

点击开始目录，运行“Anaconda Prompt”.

依次输入如下代码，按enter回车键：

conda create -n pymol

conda activate pymol

3.安装supporting packages

继续依次输入如下代码（#为说明，不用复制），按enter回车键

conda install -c anaconda pip    # pip

conda install -c anaconda numpy   # Numpy

conda install -c conda-forge pmw     # PMW

注：当出现Proceed时， 则输入Y使其继续。除了conda activate pymol每一步都会出现。

至此，pymol环境已经成功安装好了。此时安装pymol就可以了。把我们刚刚下载的windows二进制文件，放入位于C盘的user对应文件夹下，如下图所示：

重新打开Anaconda Prompt，输入：pip install pymol-2.6.0a0-cp39-cp39-win_amd64.whl (后面的是我们下载的文件名)。至此，pymol已经正式安装完毕。

接下来，打开我们刚刚设置的anaconda的安装路径，笔者这里是D:\anaconda，Pymol被安装在D:\anaconda\Scripts，找到pymol.exe，创建一个快捷方式到桌面即可。

End