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[转载]每日科研进展 l 2022.10.08 l RNAi介导的法呢基焦磷酸合酶敲低后虾的卵巢转录组和代谢反应

已有 956 次阅读 2022-10-9 11:50 |系统分类:科研笔记|文章来源:转载

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RNAi介导的法呢基焦磷酸合酶敲低后虾的卵巢转录组和代谢反应
法尼酸甲酯 (MF) 被认为是甲壳类动物中的 JH，其在许多重要的生理过程中发挥着重要作用。法呢基焦磷酸合酶（FPPS）在甲羟戊酸的生物合成中起重要作用，甲羟戊酸是JH/MF途径的一个分支。本研究中分离并鉴定了一种虾的FPPS（NdFPPS）的全长cDNA，推测NdFPPS氨基酸中含有一个polyprenyl_synt 结构域（图 1）。
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图 1. NdFPPS 氨基酸序列分析
除了在不同组织中普遍表达外，NdFPPS 在卵巢中也显著高表达。使用 dsRNA 干扰进行体内基因沉默以进一步研究 NdFPPS 的功能（图 2）。
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图 2. 不同浓度的dsRNA处理
dsNdFPPS 实验组和对照组的卵巢转录组分析用于比较、注释和分类差异表达基因 (DEG)。基于FPKM值，在实验组和对照组共鉴定出9230个DEG，其中上调基因5082个，下调基因4148个。DEGs 富集到了 761 个 GO 途径和 102 个 KEGG 途径（图 3）。
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图 3. RNAi处理和对照组相比差异表达基因
这一研究结果表明，NdFPPS 可能在卵巢发育中发挥重要作用，但是需要进一步的功能研究来阐明 NdFPPS 在生殖中的生理作用。

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