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VASP安装（wsl2）

已有 4759 次阅读 2022-9-29 15:54 |个人分类:科研|系统分类:科研笔记

0.环境与预处理

- 环境：win10、wsl2、ubuntu20.04、vasp6.1.0、Intel oneAPI

- 预处理：

1）Ubuntu更换国内的源

2）☆进入root模式：su -

3）更新：apt update && apt upgrade –y

4）安装编译需要的包：apt install build-essential

5）依次检查依赖包gcc,g++,gfortran是否安装：which <name>

若不显示安装路径则未安装,那么安装不显示路径的包：apt install gcc g++ gfortran

1.Intel编译软件安装

1）下载编译器Intel oneAPI：官网链接（文件较大在线下载极慢）

软件名称：Intel oneAPl Base Toolkit、Intel oneAPI HPC Toolkit

下载文件名称如下所示：

2）两个文件依次安装

两者的解压命令，执行sh <file_name>：

sh ./l_BaseKit_p_2022.2.0.262_offline.sh

sh ./l_HPCKit_p_2022.2.0.191_offline.sh

若安装了Ubuntu GUI，则会弹出窗口（鼠标点击选择）；

否则，命令行内会有选择界面（Tab、Enter、↑、↓、←、→）。

按需求选择安装内容，默认安装路径为 /opt/intel/oneapi。

3）验证是否安装成功

- 单次声明环境变量：source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

- 用which命令查看文件：icc,ifort,mpirun,mpiifort等，若显示路径则安装成功。

4）当前用户（root）永久添加上述路径为环境变量

- 打开环境变量配置文件：vim ~/.bashrc

- 在文件末尾添加：source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

- 保存并退出文件编辑（：wq）

- 执行一次：source ~/.bashrc

2.VASP软件安装

1）下载vasp6.1.0,得到压缩包：vasp.6.1.0.tar.gz

2）解压文件：tar –xzf vasp.6.1.0.tar.gz

得到如下文件结构：

3）编译文件

- 进入vasp.6.1.0文件夹内

- 将arch文件夹内的makefile.include.linux_intel文件复制到arch同一层级并重命名：cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include

- 更改makefile.include文件内容（vim makefile.include），在其中的OFLAG参数里加入-xhost，这样编译器会使得编译出的程序能够利用当前机子CPU能支持的最高档次的指令集以加速计算。

- 运行make all命令开始编译，0.5~1h左右可以编译完毕。

-编译完成后，在bin文件夹下会生成三个可执行文件，如下图：

注：为了使用方便，可以把最常用的vasp_std改名为vasp。

报错？待解决

4）添加环境变量

- 在~/.bashrc末尾加入该bin的路径（实际路径），使得此目录加入到操作系统寻找可执行文件的路径中：export PATH=$PATH:/root/VASP/vasp.6.1.0/bin

- 执行一次：source ~/.bashrc

5）运行测试

分别准备好输入文件：INCAR，POSCAR，POTCAR，KPOINTS，放在同一个文件夹中，然后在该目录下输入vasp命令即可运行，但一般为了加快运行速度，偏向于使用并行运算，命令为：mpirun -np 4 vasp。数字为你使用的核心数。

Example：

下载测试任务包http://sobereva.com/attach/455/benchmark.Hg.tar.gz，这是个含50个Hg原子的标准测试任务。将之解压，会看到IN-short和IN-long，分别是一个耗时较短和一个耗时较长任务的INCAR文件。这里将IN-short改名为INCAR，进入此目录，输入mpirun -np 4 vasp测试调用四个核心执行此任务，然后检查得到的OUTCAR看是否内容正常，没异常的话就说明完全装好了！