minimap2 -c ref.fa query.fa > alignment.c.paf
结果解释
.paf结果至少包括12列，加其他字段
| Col | Type | Description |
| 1 | string | Query序列ID |
| 2 | int | Query序列长度 |
| 3 | int | Query比对开始位置（*based） |
| 4 | int | Query比对结束位置（*based） |
| 5 | char | 如果query/target是正链关系，'+'表示；负链关系，'-'表示 |
| 6 | string | Target序列ID |
| 7 | int | Target序列长度 |
| 8 | int | Target比对开始位置 |
| 9 | int | Target结束开始位置 |
| 10 | int | 比对上的碱基数 (matching bases) |
| 11 | int | 对齐区域长度（包括gaps） |
| 12 | int | 比对质量（0-255） |
tags(the SAM-like typed key-value format)
| Tag | Type | Description |
| tp | A | aln类型：P/primary, S/secondary and I,i/inversion |
| cm | i | Number of minimizers on the chain |
| s1 | i | Chaining score |
| s2 | i | Chaining score of the best secondary chain |
| NM | i | Total number of mismatches and gaps in the alignment |
| MD | Z | To generate the ref sequence in the alignment |
| AS | i | DP alignment score |
| SA | Z | List of other supplementary alignments |
| ms | i | DP score of the max scoring segment in the alignment |
| nn | i | Number of ambiguous bases in the alignment |
| ts | A | Transcript strand (splice mode only) |
| cg | Z | CIGAR string (only in PAF) |
| cs | Z | Difference string |
| dv | f | Approximate per-base sequence divergence |
| de | f | Gap-compressed per-base sequence divergence |
| rl | i | Length of query regions harboring repetitive seeds |
2. SAM格式
命令
minimap2 -a ref.fa query.fa > alignment.a.sam
结果解释
SAM文件由两部分组成，头部区和主体区，都以tab分列。
1. 头部区：以’@'开始，体现了比对的一些总体信息。比如比对的SAM格式版本，比对的参考序列，比对使用的软件等。
2. 主体区：比对结果，每一个比对结果是一行，有11个主列和一个可选列。
主体区部分：
| 列 | 关键字 | 描述 |
| 1 | QNAME | Query序列ID |
| 2 | FLAG | Bwise FLAG(表示比对类型：paring,strand,mate strand等)，如：0，99，256，2048等 |
| 3 | RENAME | Target序列ID |
| 4 | POS | 比对到参考序列上的位置，从1开始计数；未比对上为0 |
| 5 | MAPQ | 比对的质量分数（越高说明比对到参考序列的上的位置越准确）。如果是255，说明该比对值无效。 |
| 6 | CIGAR | 简要比对信息表达式 |
| 7 | MRNM | 下一片段比对上的参考序列编号 |
| 8 | MPOS | 下一片段比对上的位置，如果不可用，此处为0 |
| 9 | ISIZE | 插入片段长度 |
| 10 | SEQ | 和参考序列在同一个链上比对的序列（若比对结果在负义链上，则序列是其反向重复序列，反向互补序列） |
| 11 | QUAL | 比对序列的质量（ASCII-33=Phred base quality）reads碱基质量值 |
| 12 | Optional Fields | 可选的列以TAG：TYPE：VALUE的形式提供额外的信息 |
备注
1. FLAG释义表如下
2. CIGAR string，简要比对信息表达式，示例如下图
