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Cell Reports:中山大学陈月琴实验室发现染色质相关小核仁RNA参与基因组稳定性维护

已有 2554 次阅读 2022-3-30 10:39 |个人分类:小柯生命|系统分类:论文交流

北京时间2022年3月29日晚23时,中山大学生命科学学院陈月琴实验室Cell Reports在线发表了题为“Chromatin-associated orphan snoRNA regulates DNA damage-mediated differentiation via a noncanonical complex”的研究论文。


该研究发现小核仁RNA(snoRNA)可以作为染色质结合RNA发挥功能,参与癌细胞基因组稳定性维护和调控细胞分化,影响癌症发展进程,提示snoRNA具有经典rRNA修饰功能外更多的未知作用。


中山大学生命科学学院韩才博士(已毕业)、孙林玉博士、中山大学附属第一医院罗学群教授为本文共同第一作者。陈月琴教授王文涛副教授为共同通讯作者。


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一直以来, snoRNA被认为是一类具有相似结构和功能的非编码RNA,根据其特有序列特征分为C/D box 和 H/ACA box两类。正如其名字所提示,传统观点认为snoRNA位于核仁中,通过碱基配对方式主要介导靶向核糖体RNA(rRNA)修饰。然而,一类称为orphan snoRNA的小核仁RNA并无可预测靶向rRNA,人们对这些snoRNA在细胞内发挥的功能知之甚少。近年来的独立研究发现,snoRNA可以在核仁外,如核浆【1】、细胞质【2】和细胞外囊泡【3】中存在,提示snoRNA可能具有未发现的非经典定位和功能。

 

此外,越来越多的研究发现snoRNA是癌症进程中的重要调控因子。其中,在造血过程中,snoRNA的表达具有发育和谱系特异性【4】;而在恶性血液肿瘤发生过程中,相当一部分snoRNA水平出现明显地下调【5】。鉴于snoRNA的经典rRNA修饰功能可以支持细胞内翻译机器,而癌细胞的快速异常增殖又需要大量癌蛋白的生产,所以在癌症中水平下调的snoRNA可能不是通过其经典功能来影响癌症进程。那么,snoRNA失调在癌症发展中是否具有意义?是否存在潜在的新功能?

 

陈月琴教授课题组通过对髓系细胞分离亚组分进行snoRNA组芯片筛选鉴定发现,一类snoRNA可富集于染色质上,称为染色质相关snoRNA。其中,部分染色质相关orphan snoRNA可响应DNA损伤压力表现出染色质富集程度的改变,且在恶性髓系疾病中呈现显著低表达,提示此类snoRNA可能通过染色质相关功能参与到癌症进程中。其中, SNORA73在DNA损伤压力下染色质富集降低最为显著,作者以此为例对这类染色质相关snoRNA的功能机制进行解析。

 

体外及体内小鼠实验结果表明低表达的SNORA73参与维护恶性髓系细胞基因组稳定性,从而抑制过度损伤压力所导致的细胞分化,保持恶性细胞分化阻滞状态,促进癌症进程的发展。作者进一步发现,SNORA73的5末端具有非经典的特异结构,而且这一结构对于其影响细胞分化具有重要作用。蛋白质谱鉴定结果提示SNORA73 可通过5’末端特异性结合染色质蛋白PARP1,并可能影响PARP1介导的基因组稳定性维护和细胞分化调控。

 

最后,作者利用细胞内和体外纯化蛋白等分子生化手段发现SNORA73可促进经典H/ACA snoRNA结合蛋白DKC1/NHP2与PARP1的结合,介导组装包含经典结合蛋白和PARP1的非经典小核仁核糖核蛋白(snoRNP)。癌细胞中低表达的SNORA73可通过此非经典snoRNP影响PARP1的ADP-核糖基化修饰,从而影响细胞内DNA损伤修复途径,参与基因组稳定性的维护。


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文章图文摘要


综上所述,作者发现染色质相关orphan snoRNA可参与维护癌细胞基因组稳定性和调控细胞分化,提示snoRNA在细胞内还存在未揭示的多样化功能,可参与到除经典rRNA修饰外更多的途径中去。

 

相关论文信息:

https://doi.org/10.1016/j.celrep.2022.110421


参考文献 

1,Vitali, P. & Kiss, T. Cooperative 2'-O-methylation of the wobble cytidine of human elongator tRNA(Met)(CAT) by a nucleolar and a Cajal body-specific box C/D RNP. Genes Dev 33, 741-746, doi:10.1101/gad.326363.119 (2019).

2,Michel, C. I. et al. Small nucleolar RNAs U32a, U33, and U35a are critical mediators of metabolic stress. Cell Metab 14, 33-44, doi:10.1016/j.cmet.2011.04.009 (2011).

3,Rimer, J. M. et al. Long-range function of secreted small nucleolar RNAs that direct 2'-O-methylation. J Biol Chem 293, 13284-13296, doi:10.1074/jbc.RA118.003410 (2018).

4,Warner, W. A. et al. Expression profiling of snoRNAs in normal hematopoiesis and AML. Blood Adv 2, 151-163, doi:10.1182/bloodadvances.2017006668 (2018).

5,Valleron, W. et al. Specific small nucleolar RNA expression profiles in acute leukemia. Leukemia 26, 2052-2060, doi:10.1038/leu.2012.111 (2012).




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