QHDXZJW的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/QHDXZJW

博文

​Materials Studio官方教程:Kinetix——蒙特卡洛方法模拟CO的氧化【3】

已有 2000 次阅读 2022-2-22 10:37 |个人分类:科研干货|系统分类:科研笔记

微信图片_20220214101947.jpg

Materials Studio官方教程:Kinetix——蒙特卡洛方法模拟CO的氧化【1】

Materials Studio官方教程:Kinetix——蒙特卡洛方法模拟CO的氧化【2】

6、添加更多反应过程

尽管到目前为止,所定义的模拟过程已经具有吸附CO和O2以及脱附CO2的必要过程,但它并不能正确地表示反应中涉及的全部过程。特别是那些关于CO和O化合物扩散的过程。扩散通常比吸附或解吸快得多。在选择参数时必须加以注意,以避免在扩散上花费太多的计算时间。

CO或O2的解吸(与吸附过程相反)也被省略。

吸附速率系数对温度的依赖性很弱,而解吸速率系数对温度的依赖性很强。

此处将首先添加一个过程来描述CO的扩散。

打开原始的ZGBProcesses.xkp文档,选择Processes选项卡。对新的过程类型选择Diffusion,单击Add按钮。

Process Details选项卡中输入CODiff作为IdentifierCO diffusion作为Description。将Specification type更改为Rates,将Rate coefficient更改为25

Process Sites选项卡中,对Species选择CO

扩散过程假设一个化合物从一个位置移动到另一个先前空置的位置,留下原始位置空置。

现在,将添加一个类似的过程来描述O的扩散。

Processes选项卡中添加另一个Diffusion过程。

Process Details选项卡中输入ODiff作为IdentifierO diffusion作为Description。将Specification type更改为Rates,将Rate coefficient更改为15

Process Sites选项卡中,对Species选择O

通过选择25和15的速率系数,这些过程比CO和氧气的吸附要快得多。然而,CO2的形成目前是通过一个即时过程来描述的,因此,当CO化合物位于O化合物占据的位置附近时,就会发生CO2的形成。CO2的形成速率系数应介于吸附过程和扩散过程速率系数之间。

Processes选项卡上,选择CO2Des过程。在Process Details选项卡上,将Specification type更改为Rates,将Rate coefficient更改为5

现在需要添加CO和O2解吸过程,如下所示:

微信图片_20220222103243.jpg

根据上表添加两个指定的新过程。

这将是本教程过程文档的最终形式。在继续之前,应该保存工程。

从菜单栏中选择File | Save Project

现在将重新运行模拟,并将部分结果与上一次运行进行比较。

使ZGB.xkc成为当前文档。打开Kinetix Calculation对话框,确保已选择Constant conditions任务。单击Run按钮并关闭对话框。

一个名为ZGB Kinetix ConstCond (2)的新文件夹将添加到Project Explorer中。当计算任务结束后,将与之前的模拟相同,创建相同的一系列文件。

在Project Explorer中,从新的结果文件夹中打开ZGB.kout。打开Kinetix Analysis对话框,对COO化合物设置一个Concentrations分析。单击View按钮。

微信图片_20220222103308.jpg

包括扩散在内的模拟过程中化合物的平均浓度

与第一次运行的等效图相比表明,O的稳态浓度比以前低,CO的浓度增加。

使用Kinetix Analysis对话框对所有Reactions执行Rates分析。单击View按钮。

由此产生的图表将立即显示,模拟主要由两个扩散过程主导。虽然CO扩散的速率系数比O扩散的速率系数更高,但O扩散在速率图中占主导地位,因为O的平均浓度更高。现在,将生成另一个没有扩散过程的速率图。

在Kinetix Analysis对话框中,取消勾选CODiffODiff复选框。单击View按钮并关闭对话框。

微信图片_20220222103333.jpg

包括扩散在内的模拟过程的平均反应速率

将该Rates图与第一次运行的速率图进行比较表明,三个主要关注的过程(COAds、O2Ads和CO2Des)的速率都略有上升,尽管它们显示的相对值相同。

正如预期的那样,由于为这些过程设置的速率系数非常低,CODes和O2Des过程的贡献可以忽略不计。

现在可查看新的构型演变。

在Project Explorer中,从新的结果文件夹中打开ZGBTraj.xkc。以与上一个构型文档相同的方式修改显示方式,并使用animation controls逐步遍历各帧。停止动画。

在Configuration View中,输入7作为Frame,然后按下TAB键。

新的ZGBTraj.xkc视图应大致如下所示:

微信图片_20220222103350.jpg

包含扩散过程的模拟期间的构型

扩散过程的加入使得CO和O化合物能够在构型周围移动,而CO2过程的变化使用了5的速率系数,这意味着CO化合物有可能存在于O化合物附近的晶格位置。

尽管该模拟的第二个版本比最初的简单运行与真实过程更为接近,但由于包含了扩散和解吸过程,模型仍有改进的余地。

这些改进在Pt(1 1 1)表面上CO氧化的多位点模拟(Multi-site modeling of CO oxidation on a Pt(1 1 1) surface)教程中进行了讨论。

从菜单栏中选择File | Save Project,然后选择Window | Close All

本教程到此结束。

本教程对应视频将在杨站长视频号、华算科技B站同步推送,敬请各位关注。

参考文献:

R.M. Ziff, E. Gulari, Y. Barshad, "Kinetic Phase Transitions in an Irreversible Surface-Reaction Model", Phys. Rev. Lett.56, 2553-2556 (1986).

Materials Studio是久负盛名计算模拟软件,问世20余年来,经过不断地迭代优化,使其功能异常强大,极易上手,初学者只需通过简单的参数设置和点击鼠标就能完成DFT计算。其计算可靠性久经考验,备受Nature、Science等顶级期刊认可。

华算科技和Materials Studio官方代理深圳浦华系统联合推出Materials Studio建模、计算、分析课程。课程专为零基础学员设计,沿着理论讲解、模型搭建、性质计算、结果分析层层递进讲解,带你快速入门DFT计算。课程极度注重实操,全程线上直播,提供无限回放,课程群在线答疑。(详情点击下方图片跳转)

识别下方二维码报名,或者联系手机13005427160。

MS全媒体推广告.png





https://blog.sciencenet.cn/blog-2531381-1326470.html

上一篇:​Materials Studio官方教程:Kinetix——蒙特卡洛方法模拟CO的氧化【2】
下一篇:​Materials Studio官方教程:Kinetix——CO在Pt(1 1 1)表面氧化的多位点模拟【1】
收藏 IP: 61.141.252.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-11-26 14:35

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部