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目前蛋白质结构的解析 X-ray 晶体衍射方法是主流手段,X 射线晶体学是一门利用 X 射线来研究晶体中原子排列的学科。更准确地说,利用电子对X射线的散射作用,X 射线晶体学可以获得晶体中电子密度的分布情况,再从中分析获得关于原子位置和化学键的信息,即蛋白质晶体结构。DS 中辅助 X-ray 电子密度分子主要有以下工具:
DS X-RAY
X-ray 科学功能模块为从事 X 射线晶体学家和基于结构的药物设计科学家提供了从 X 射线晶体学实验数据到结构构建和精修的全套工具和工作流程。基于成熟的 CNX 软件包和 DS 的流程搭建平台,可以很方便地通过工具面板、工作流程、命令行等多种方式实现结构的检测和精修,包括产生电子密度图、去除水分子、验证配体的位置和相互作用等操作。此外,还可以进行蛋白 - 配体复合物结构的高通量预测计算。通过配体在蛋白中的放置、结构优化、溶剂化等一系列自动流程化的运作来实现蛋白 - 配体复合物结构的高通量计算。
综上:基于 DS 的 X-RAY 流程平台,可以很方便的实现 X-ray 晶体结构电子的检测和精修,包括产生电子密度图、去除水分子、验证配体的位置和相互作用等操作。
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