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狂犬病毒的分子流行病学:
欧洲蝙蝠丽沙病毒(EBLV)
第5章 分子流行病学(Molecular epidemiology)
作者:Susan A. Nadin-Davis
加拿大渥太华:加拿大食品检验署,渥太华Fallowfield实验室。
(Canadian Food Inspection Agency, Ottawa Laboratory- Fallowfield, Ottawa, ON, Canada)
5.4 丽沙病毒的分类(Lyssavirus taxonomy)
5.4.1 丽沙病毒属的物种(Lyssavirus species)
5.4.2 狂犬病相关丽沙病毒(lyssaviruses)的分子流行病学
5.4.2.1 澳大利亚蝙蝠丽沙病毒(ABLV)
5.4.2.2 欧洲蝙蝠丽沙病毒(EBLV)
1985年,由于有一名蝙蝠研究人员死于狂犬病,使丽沙病毒与欧洲食虫蝙蝠的关联成为关注的焦点。由于对这些病毒可能引发公共卫生问题的担忧,自那时以来加大了监测工作,结果在西欧发现了1,000例蝙蝠狂犬病病例。因此,这些病毒的已知分布范围正在扩大,近年来还发现了新的蝙蝠丽沙病毒。目前已知有五种丽沙病毒在欧洲蝙蝠中传播:其中两个物种,欧洲蝙蝠丽沙病毒1型(EBLV-1)和2型(EBLV-2),已经被发现了几十年,而另外三个物种,博克洛(Bokeloh)蝙蝠丽沙病毒 (BBLV),莱里达(Lleida)蝙蝠丽沙病毒(LLEBV)和西高加索(West caucus)蝙蝠丽沙病毒 (WCBV),都是直到最近才被发现。
EBLV-1病毒是目前欧洲最常分离到的丽沙病毒,造成了97%的蝙蝠狂犬病病例,它存在于大棕蝠(Eptesicus serotinus)体内,并广泛分布于许多欧洲国家。EBLV-1可分为1a和1b两个遗传谱系,它们在进化和传播模式上存在差异,可能代表了该生物类型在欧洲的两次独立引进。
相对同质的EBLV-1a谱系主要出现在德国、丹麦、荷兰和波兰等北部国家,这些地区地势平坦、低洼,城市和农村区域混合,还有一些森林,这些地区是大棕蝠(Eptesicus serotinus)的理想栖息地。这可能促进了EBLV-1a在北欧迅速沿东-西方向传播。该亚型是法国西部最流行的EBLV谱系,从那里它似乎向南传播到西班牙北部。
相比之下,更分散的EBLV-1b谱系呈现出沿南-北轴传播的态势,出现在荷兰、德国和法国北部,与法国中部的EBLV-1a在范围上有一些重叠。在西班牙,已经从两种蝙蝠中分离出了一系列不同的EBLV-1b变种,分别是褐黄蝠(E. isabellinus)和大棕蝠(E. serotinus),前者显然是该病毒的主要宿主,可能是经种间传播而至大棕蝠。
由于在西欧许多蝙蝠物种都是受保护的,在其中研究EBLVs存在挑战,许多研究已经通过检测从这些动物收集的血清中的中和抗体来推断暴露情况以解决这一问题。这种抗体的存在被认为是这些病毒在这些群体中传播的标志。在意大利和克罗地亚对EBLV-1抗体血清呈阳性的蝙蝠种类包括两种鼠耳蝠属(Myotis)的蝙蝠:鼠耳蝠(M. Myotis)和狭耳鼠耳蝠(M. blythii),而其他种类包括意大利的宽耳犬吻蝠(Tadarida teniotis)和克罗地亚的长翼蝠(minopteris schreibersii),这些物种在欧洲其他地区不被认为是EBLV-1的储存宿主( reservoirs)。但由于获取大棕蝠(E. serotinus)标本的限制,这些研究无法对大棕蝠进行调查。
此类血清监测研究还表明,在摩洛哥和阿尔及利亚收集的蝙蝠中存在与EBLV-1密切相关的丽沙病毒 ,从而支持了EBLVs最初是由迁徙的蝙蝠从非洲引入西欧的推测。这一假设让人们对其他蝙蝠物种的作用产生了浓厚的兴趣,与更不爱运动的大棕蝠( E. serotinu)s相比,其他蝙蝠更有可能是造成这种传播的原因。在西班牙,来自几个国家的血清学证据也越来越多揭示EBLV-1在长翼蝠( Miniopteris schreibersii)中的传播,长翼蝠是一种迁徙物种,可能是将该病毒引入欧洲并导致随后传播的潜在携带者。
建模研究提示,在没有大棕蝠的情况下,可以通过鼠耳蝠属(Myotis)的蝙蝠和长翼蝠( Miniopteris schreibersii)之间的相互作用实现病毒的持久存在。这增加了一种可能性,即考虑到许多蝙蝠物种的栖息模式和拟人化相互作用的差异,我们目前对它们在维持这些病毒持续存在方面的相对作用的认识可能存在偏差,并可能随着进一步的研究而发生显著变化。
EBLV-2最早于1985年从在芬兰从事蝙蝠研究的瑞士蝙蝠生物学家分离出来,已在总共34例蝙蝠病例中被确认为病原体,并在少数其他病例中被怀疑为病原体。它已经从两种蝙蝠中被发现,一种是广泛分布在西欧的水鼠耳蝠(Myotis daubentonii),另一种是在欧洲大陆范围更有限的沼鼠耳蝠(Myotis dasycneme)。许多欧洲国家都发现了EBLV-2病毒,包括荷兰、瑞士、丹麦、德国和英国,在苏格兰发生了EBLV-2引发的人类狂犬病病例后,这些国家开始了被动监测。
在英国,在水鼠耳蝠(Myotis daubentonii)中记录了13例EBLV-2病例,表明该病毒是该国固有的,最近芬兰和挪威也报告了从该蝙蝠分离到病毒的病例。只有相对较少的分离株,加上这些分离株在不同实验室之间在存档和共享过程中的一些混淆,使它们的系统发育分析变得复杂,并对早先将这些病毒区分为两个截然不同的谱系2a和2b的建议提出了质疑。最近利用全基因组测序数据进行的分析表明,这些病毒根据来源的国家表现出区域局限性,发生的核苷酸替代相对较少。
荷兰分离株均来源于沼鼠耳蝠(Myotis dasycneme),形成一个单独的分支,而英国分离株则分化为多个不同于其他欧洲群体的区域群体。对蝙蝠种群的遗传研究表明,在欧洲大陆和英国之间定期移动的水鼠耳蝠促进了EBLV-2进入英国;相比之下,大棕蝠(E. serotinus)种群更加分散,从而限制了EBLV-1入侵英国的机会。
虽然蝙蝠是EBLVs的已知宿主,但偶尔有报道称EBLV-1有向陆生动物的溢出感染。而实验研究表明,EBLVs可导致红狐和银狐产生狂犬病的临床症状,但这些病毒能够适应并能够在陆生宿主中持续传播的可能性似乎是微不足道的。
博克洛(Bokeloh)蝙蝠丽沙病毒 (BBLV)于2010年在德国首次从一种患狂犬病的鼠耳蝠 (Myotis nattererii)中分离出来。随后,德国、法国和波兰报告了更多的分离株;除德国从普通伏翼蝙蝠(Pipistrellus Pipistrellus)分离到1株外,其余均从纳特瑞蝙蝠(Myotis nattererii)中获得。
所有9个BBLV序列形成一个单系分支,将这些病毒与所有其他欧洲蝙蝠丽沙病毒区分开来。有趣的是,这个分支分化为两个不同的簇(clusters),尽管这种分离的基础仍然不清楚,因为似乎与宿主亚种或空间分布都没有相关性。
另一种新的丽沙病毒被命名为莱里达(Lleida)蝙蝠丽沙病毒 (LLEBV),首次在西班牙从长翼蝠(Miniopterus schreibersi)中发现。最初的研究局限于N基因分析,表明LLEBV是一个与更分散的伊科马(Ikoma)丽沙病毒( IKOV)和西高加索蝙蝠丽沙病毒(WCBV)最密切相关的独特物种,随后全基因组分析的结果也证实了这一结论。法国对LLEBV的第二次分离进一步支持了该病毒的多样性、其作为一个独特病毒物种的分类以及长翼蝠(Miniopterus schreibersii)作为该病毒宿主的可能作用。
仅在俄罗斯从长翼蝠(Miniopterus schreibersi)标本中获得了唯一的一个西高加索蝙蝠丽沙病毒 (WCBV)分离株,但其基因组序列的高度多样性显然支持将其分类为一个不同的病毒物种。虽然该物种的真实分布范围尚不清楚,但在肯尼亚的小翼蝠(Miniopterus bats)体内发现了抗WCBV中和抗体,使人们进一步认为该物种也在非洲传播。
一种最近报告但尚未分类的丽沙病毒, 科塔拉赫蒂(Kotalahti)蝙蝠丽沙病毒从芬兰的一种鼠耳蝠属(Myotis)的蝙蝠中发现,根据其独特的系统发育位置,可能代表另一个病毒物种。
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