||
#对表达量热图进行分组
library(pheatmap)
#读入数据
data<-read.table("HSP_protein.txt",row.names=1,header = TRUE)
#读入——列分组信息
colgroup=read.table("group.txt",sep="\t",header=F,row.names=1,check.names=F,quote="")
#列分组命名
colnames(colgroup)=c("Group")
#定义颜色
color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(10)
#定义分组的颜色
ann_colors=list(Group=c(XJ="#EE7AE9",YN="#00447E",Cr="#F34800"))
#画热图
pheatmap(data, scale = "row", #对行归一化
show_rownames=T, #显示行名-基因名
cluster_cols=F, #不对列进行聚类
treeheight_row = 15, #调整纵向数的高度
annotation_col=colgroup, #将列分组信息加入到列注释信息
clustering_distance_rows = "correlation", #聚类线长度优化
color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(10),
annotation_colors=ann_colors, #给注释条块的颜色赋值
cutree_rows=3, #按聚类树将所有行分为三组
gaps_col=c(12,24), #在第12,14列分组
cellheight=2,cellwidth=8, #每个各自的大小
fontsize_col=6, #列名的字号
fontsize_row = 2, #行名的字号
fontsize_annotation=8,
main = "HSPs", #命名主标题
filename="heatmap_HSPs_new.png") #可保存为File type should be: pdf, png, bmp, jpg, tiff
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