在20世纪初期，类比于太阳系模型，绕原子核在层状球面上的电子运动是微观电子运动的共识性模式。它是牛顿运动模式在微观世界的体现。因此，研究人员的努力就是：用牛顿力学方法来解决电子运动问题。在实质上，这就是个科学研究中的陷阱。

       在量子力学理论建立以后的很长时间里，依然有不少的研究是试图用牛顿力学的运动概念来解释量子物理，对于波函数概念持反对性意见。这是在基础概念上的研究陷阱。可见：如果所采用的基础概念是不适当的，则研究就自动地进入陷阱。

       在抽象的量子力学数学体系建立以后，依然有不少的研究是试图用经典数学理论来论述量子力学或应用量子力学的有关研究结果，试图使用简化的数学模型。这是在研究工具上的研究陷阱。可见：如果所采用的数学表达工具不足于精确的表达所研究的对象，则研究就被动地进入陷阱。

       在实际的科学研究中，受到个体认识水平的约束，可能会错误地（或片面地）理解所研究的论题，被动地进入认识论上的误区，陷入思想认识上的陷阱。

       类似地，受到个体数理推演或是数值计算能力的约束，试图用自身能熟练使用的方法，在所研究论题超出自身能力时，陷入研究能力上的陷阱。

       更为普遍的是，由于自身所能使用的实验设备缺乏，陷入因为缺乏实验数据引导而进入研究停步不前的研究手段上的陷阱。

       因此，就个体而言，他所能进行的科学研究论题是受到很大限定的。超出这个限定的风险就是：可能进入科学研究中的陷阱。

       如何避免进入陷阱呢？我们实质上主要的办法就是：借助于专著、期刊论文、以及同行交流，来避开陷阱。

       因此，对于个体而言，专著和期刊论文在科学研究中的主要作用就是使得我们有机会避开陷阱。

       但是，在20世纪后期和21世纪初期，由于科技文献的大爆发，我们实际上面对的困境是：

1）如果使用个人的偏好来选择文献，总是能发现大量的“值得一读”的文献，从而有可能直接的进入某类“跟进式”陷阱。解决此类问题的核心在于使用实验文献的数据。遗憾的是，如果文献上的实验数据的可靠性有疑问，则不能承担这个功能。

2）如果使用研究论题本身来定位所需阅读的文献，总是能发现由浅层到深层性的各种观点或理论表述下的文献。太浅的看不上，太深的搞不懂，也就在某个层次上直接进入。遗憾的是，这种“快速”进入的研究，一般地也就“快速”地停止在某个层次上。从而，被动地进入研究工作停顿的“主观性”陷阱。

3）如果对于研究论题基本上只有潜层次文献发表，没有深层次文献可以直接的参考，那我们就只能是从基础理论来推演研究论题的解决方法，或者是借助于实验来解决疑问，从而逼近研究论题的解决。

也正是由于上述的3个基本原因，人们的注意力转移到：深层次文献（历史性的，当前的最新进展）。

所以，面对科技文献的大爆发，刊登潜层次文献的期刊越来越缺少读者。需要收发表费来维持。而刊登深层次文献的期刊，很多由于是冷门，本身就需要收发表费（赞助费）来维持。由此，就造就了一个：论文发表的费用陷阱。

对于论文发表费，各种看法是并存的。其中的正统观点是：研究经费中包含了论文发表费，因此收费是合理的。

但是，从科学历史发展轨迹看，重大的理论研究或实验研究在初期都未必得到研究经费支持（或是研究经费短缺），可能是研究者自费。所以，逻辑上，论文发表费陷阱就是：把论文发表与科研经费捆绑在一起，从而直接的限定了研究人员的研究视野。客观上，这是不利于科学进步的。

4）如果对于得不到科研经费的研究论题，只能放弃，以避免进入论文发表的费用陷阱。

经济基础决定了个体在科学研究中是否会进入陷阱。