微生物生态学的一个重要问题是，某一物种在跨越时空的过程中动态变化，是否被环境所影响，通过环境影响物种的有无及其丰富度的多少，则说明受确定性过程支配；如果对环境不敏感，物种丰度是概率性分布和随机改变的，说明不受环境影响，则说明是随机性过程支配。       

需要计算系统发育树文件，这个目前还不会，没有找到相应方法，尤其单个样品内OTU的系统发生树？？(可以通过QIIME2计算得到总的系统发生树，tre或nwk格式的树文件均可，接着通过prune.sample(otu,tree.nwk)命令将要分析样品的系统发生树调集出来)

According to Stegen et al. (Stegen, J.C., Lin, X., Konopka, A.E., Fredrickson, J.K., 2012. Stochastic and deterministic assembly processes in subsurface microbial communities. The International Society for Microbial Ecology Journal 6, 1653–1664.),NTI>2,或者mean NTI>0,表明单个样品内微生物群落是紧密相关的，系统发生树是聚类的；NTI<-2,或者mean NTI<0,表明单个样品内微生物群落是疏远的，系统发生树是过度分散的。βNTI > +2，或者mean βNTI > 0,表明有更高的系统发生周转率，确定性过程占主导地位；βNTI <-2，或者mean βNTI <0,表明有更低的系统发生周转率，随机性过程占主导地位。

    为了验证NTI和βNTI结果的可靠性，species rank abundance distribution（物种等级丰度分布）是否符合这几个模型：ZSM, preemption, broken stick, log-normal, Zipf and Zipf–Mandlebrot models。其中ZSM 属于neutral theory（中性理论），用Tetame计算，如果符合ZSM模型，属于随机性过程；剩余5个属于niche theory（生态位理论），用‘radfit’ in package ‘vagan’评估，属于确定性过程。. Akaike Information Criterion (AIC) was used to evaluate the fitting quality of each statistical model. The lower AIC value means a better fit of the model (Dumbrell et al., 2010). Thus, the lowest AIC value in ZSM model indicates neutral processes, while the lowest AIC value in the other models indicates niche processes.

参考文献：Maomao Feng, Jonathan M. Adams, Kunkun Fan, Yu Shi, Ruibo Sun, Daozhong Wang, Xisheng Guo, Haiyan Chu,
Long-term fertilization influences community assembly processes of soil diazotrophs,
Soil Biology and Biochemistry,
Volume 126,
2018,
Pages 151-158,
ISSN 0038-0717,
https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2018.08.021.