方法1：使用batch Entrez website

1、创建包含需要批量下载Genebank号列表Sequence.txt文件。

2、打开网页http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

3、载入Sequence.txt文件，选择Database类型为Nucleotide,点击Retrieve检索。

点击“Retrieve records for 11 UID(s)”，后面就是“Send to” 保存，选择保存格式。

方法2：使用浏览器下载

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&rettype=fasta&retmode=text&id=JX263025,JX263026,JX263027,JX263028,JX263029,JX263030,JX263031,JX263032,JX263033

在浏览器后边加上要下载序列的Genebank号。

方法3：使用Perl

perl -e 'use LWP::Simple;getstore("http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&rettype=fasta&retmode=text&id=".join(",",qw(JX263025 JX263026 JX263027 JX263028 JX263029 JX263030 JX263031 JX263032 JX263033)),"seqs.fasta");'

序列号中间是空格，最后是文件名。

参考：https://edwards.sdsu.edu/research/ncbi-sequence-or-fasta-batch-download-using-entrez/