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电荷密度图中ISOSurface的重要性

已有 10834 次阅读 2020-5-26 12:49 |个人分类:第一性原理计算结果分析|系统分类:科研笔记| charge-isosurface

       电荷密度(如差分电荷密度,关于差分电荷密度的计算与分析有专门的教程,这里只介绍isosurface的设置)图在第一性原理计算分析中常常用到。其中isosurface对电荷密度分布的图案影响较重要,但是常常被很多初学者忽视。

       例如在做表面吸附是,想研究基底吸附分子前后的差分电荷密度的话,需要分别计算孤立分子电荷密度、洁净基底表面电荷密度、以及分子/基底复合体系电荷密度,最后拿复合体系的电荷密度减去前两者的电荷密度就可以得到差分电荷密度。但是如果设置isosurface值过大,计算出来的差分电荷密度就不明显。

       另外若要比较电荷密度的变化,那么参与比较的各电荷密度isosurface值一定要保持一致。否则比较的结果将可能不可靠。

       以VESTA为例,可以通过下列操作手动设置isosurface的值。

  1. VESTA导入charge文件。

  2. 点开VESTA左侧Properties标签,面板中的左起第五个选项即为isosurface,选中打开。如下图。

  3. 其次选中列表里的目标charge,在上方Isosurface level后面的框里可以根据需要设置合适的值。

  4. 另外charge的颜色也可以改变,默认模式为:黄色代表accumulation,浅蓝色代表depletion。

图片.png


 


2020年5月26日



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