Lammps最新版（lammps-5Jun19）Ubuntu 16.04.4下并行安装教程

                                      By：枫晓君亭

Lammps最新版安装方法_枫晓君亭.pdf

以下如在遇到apt-get命令有问题时一般是Ubuntu源下载速度太慢，需要替换源，本人替换的是中科大源：

（https://blog.csdn.net/mr_choi/article/details/71211078）

（https://blog.csdn.net/xfxf0520/article/details/82975366）

（https://www.cnblogs.com/kevingrace/p/6699387.html）

安装过程需要 root 权限，所以为了方便，请在 root 用户下安装

1.安装包的准备（统一放在同一文件夹中解压后备用）

a.fftw-3.3.8.tar.gz

b.lammps-stable.tar.gz (https://github.com/lammps/lammps) and (https://lammps.sandia.gov/download.html)

c.mpich-3.2.1.tar.gz

d.jpegsrc.v9b.tar.gz  (不需要图片支持可不安装)

注：    tar -xf %s.tar.gz 解压以上安装包    (以上所有资源均可百度搜索到，学会利用搜索引擎Google、百度、维基等)

2.安装 gcc  g++  gfortran (which gcc、g++、gfortran检查)

a.sudo su （输入密码后继续）

b.apt-get install gcc 

c.apt-get install g++

d.apt-get install gfortran

3.安装FFTW

a.sudo apt-get -y install build-essential gfortran csh libstdc++5 libjpeg62 libjpeg62-dbg libjpeg62-dev 

b.cd fftw-3.3.8

c.sudo ./configure --enable-float --prefix=/usr/local/fftw --enable-shared=yes(此处因为我们在下面需要安装python接口，需要生成动态库.so) （https://blog.csdn.net/zwjzwj108108/article/details/24254067）

d.sudo make -j10 

e.sudo make install

f.cd ..

4.安装mpich

a.cd mpich-3.2.1

b.sudo ./configure --prefix=/usr/local/mpich

c.sudo make -j10 

d.sudo make install（此处若遇到问题提示为缺少aclocal-1.15，首先需要直接安装automake1.15，参考：

https://blog.csdn.net/w526482656/article/details/49431217）

e.cd ..

5.安装JPEG

a.cd jpeg-9b

b.sudo ./configure --prefix=/usr/local/jpeg

c.sudo make j10

d.sudo make install

e.cd ..

6.安装lammps

（安装我们计算所需的包，一些特殊的包需要特殊处理（如： reax，voro++，poems），仔细阅读官网即可）

a.cd lammps-5Jun19/lib/meam

b.make -f Makefile.gfortran 

c.cd ../poems

d.make  -f  Makefile.g++

e.以下修改编译的文件，这里是关键

     cd  lammps-5Jun19/src/MAKE

     vi  Makefile.mpi

1)将两个mpicxx改为g++

2)修改FFTW，MPICH，JPEG的路径，修改为下图

上面保存退出后，以下设置系统的环境变量

f.cd ..

g.vi ~/.bashrc (在最末尾处添加)

h.保存退出后 source  ~/.bashrc

i.echo $PATH （可以看到上面修改的路径出现在循环）

j.cd ~/lammps-5Jun19/src

k.make clean-all

l.make yes-meam  make yes-MANYBODY（make package-status查看包安装状态）（选择自己所需要的包）

m.make  mpi  -j10

n.sudo cp lmp_mpi  /usr/bin/  (至此，安装完成)

若找不到库就装库,命令： sudo apt-get install lib （如apt-get install libfftw3*）

（https://www.jianshu.com/p/5ab43800cfdb）

7.测试，进入lammps解压包内的examples

a.cd  ~/lammps-5Jun19/examples/crack

b.mpirun -np 2 lmp_mpi < in.crack

若能计算成功无报错，则至此安装完成

尽管本人按照以上步骤可以成功安装，但是不同的机器有可能遇到各种各样的情况，一定要多多操作，方可熟悉Linux下的命令和各种问题出现的原因，有问题可多多百度（尽管很多时候百度只适合找菜谱，但是还是可以解决问题）。