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[转载]SCnorm -- 单细胞RNA-seq数据的鲁棒标准化

已有 3053 次阅读 2019-6-2 10:15 |个人分类:软件|系统分类:论文交流| RNA-seq, 单细胞测序, 标准化 |文章来源:转载

RNA-seq数据的标准化对于准确的下游推论是必不可少的,但是大部分标准化方法所基于的假设都不能在单细胞条件下应用。因此,应用现有标准化方法到单细胞RNA-seq数据上引入了假象,这使得下游分析出现偏差。

为了解决这个问题,我们介绍了SCnorm以准确且高效地进行单细胞RNA-seq数据标准化。

28418000_SCnorm_6_fc.png
6种标准化方法对倍数变化的评估。SCnorm去除了倍数变化偏差(即在0上下均匀分布)

28418000_SCnorm_5_pca.png
5种标准化方法区分不同细胞周期细胞群的能力。SCnorm效果最好。


下载:https://www.biostat.wisc.edu/~kendzior/SCNORM/
语言:R
时间:20170417
参考:SCnorm: robust normalization of single-cell RNA-seq data



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