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操作系统为 CentOS 6.5。
首先,从 Github 网站上下载最新版本的 Picard 软件包。看到 Picard 需要的 Java 版本为 1.8,而服务器的 Java 版本太低。于是,从 Java 官网下载最新版本的 JDK (Java SE Development Kit, Linux x86_64, rpm 版本),安装后还是不能正常运行。
利用 rpm -q -a | grep -i java
和 rpm -q -a | grep -i jdk
查看已经安装的 Java 版本, 注意到 openjdk 还是老版本。然后从 rpmfind 网站下载基于 Java 1.8 的 openjdk 软件包(java-1.8.0-openjdk.x86_64)。安装后运行继续报错,显示缺失依赖包 openjdk-headless。
软件装到这里已经有些不太想装了,尝试下载另外一个类似的软件biobambam,好像可以用。
后来想到还没有尝试 *.tar.gz 格式 JDK 的安装包,下载后发现其中有编译好的java,而且可以直接使用。至此,Picard 软件可以正常使用了,问题解决,遂删除 openjdk 相关的文件。
总结:*.rpm 格式的安装包和 *.tar.gz 格式的安装包有时候不太一样,需要注意。
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