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利用二代测序仪测序的一个文库是可以混合多个 DNA 文库的,混合文库的过程叫做 multiplexing。而为了从 multiplexed 文库的测序数据中无歧义地区分各个子文库,使用足够地 DNA barcodes 是极其重要的。2018 年 12 月 21 日,Bioinformatics 杂志在线发表了一篇题为“DNABarcodeCompatibility: an R-package for optimizing DNA-barcode combinations in multiplex sequencing experiments” 的论文,介绍了一个用于设计单末端或双末端 barcode 的 R 包,用于设计满足多种需求(包括测序仪试剂、barcode 之间的最小距离、核苷酸含量等)的 barcodes,并优化 barcode frequency usage。该软件可以辅助 demultiplexing 步骤,进而节约建库试剂盒的费用。同时该软件还提供了用户友好的界面及网页 app,分别是利用 Java 和 Shiny 开发的。这为 core facilities 的专家与无经验的用户的实验需求之间架起了桥梁。
DNABarcodeCompatibility 易扩展,可以满足特定地项目需求。其源代码和用户界面都是公开可用的,网址为 https://github.com/comoto-pasteur-fr 。同时,该软件也提供了相关的文档指导使用。其开源协议为 GPL-2。
设计双末端 barcodes 的用户界面
参考资料:
Céline Trébeau, Jacques Boutet de Monvel, Fabienne Wong Jun Tai, Christine Petit, Raphaël Etournay. (2018) DNABarcodeCompatibility: an R-package for optimizing DNA-barcode combinations in multiplex sequencing experiments. Bioinformatics, bty1030. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1030
https://github.com/comoto-pasteur-fr
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