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如何选择合适的建树方法(常用构树方法的比较)
建树需要根据自己的研究内容选择合适的建树方法。
一般,如果有合适的分子进化模型,选择ML法获得的结果较好;对于近缘物种序列,通常用ML法;对于远缘物种序列,一般使用NJ或ML法;对于相似度很低的序列,NJ法往往会出现LBA(long-branch attraction,长枝吸引)现象,有时会严重干扰进化树的构建。
构树准确性:贝叶斯>ML>MP。(序列相似性高建树结果都较好,差别不大)。
模型选择:蛋白序列一般选择Poisson correction;核酸序列一般选择kimura 2-parameter模型;
重建进化树均需设置bootstrap,需要大于70,文献中一般为1000。(值高结果较可靠)
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