蛋白质二级结构是指蛋白质的多肽链中有规则重复的构象，限于主链原子的局部空间排列，不包括与肽链其他区段的相互关系及侧链构象。二级结构是通过骨架上的羰基和酰胺基团之间形成的氢键维持的，氢键是稳定二级结构的主要作用力。

主要的二级结构有α-螺旋、β-折叠  和   β-转角。

l  α-螺旋（α-helix）：肽链主链绕假想的中心轴盘绕成螺旋状。

l   β-折叠（β-sheet）：由伸展的多肽链组成的形成折叠片的构象。

l   β-转角（β-turn）：连接α-螺旋和β-折叠，使肽链走向发生改变的一种非重复多肽区。

l  无规则蜷曲（random coil）：除以上几种比较规则的构象外，其余没有确定规律性的那部分肽链的二级结构构象。