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别再傻傻的问RNA-seq测序深度了,RNA-seq数据不能这么表示

已有 10580 次阅读 2018-6-8 16:28 |系统分类:科研笔记

 

由于RNA表达的时空和时间的特异性,所以不同时刻或者是同一时刻不同组织内RNA表达的数目有着较大的差别,所以我们在说RNA的测序数据量时就不能够用测序深度来表示。


一般在说RNA测序时会说我们测了多少的cluster, 这里说的cluster就是指的打断后的RNA分子。比如说某一个RNA样本测序用了30M(30million)cluster,采用双端测序技术,就是每个cluster从两端都测一次,每次测150bp,所以就会得到30M*2=60Mreads数,然后reads数乘以每条read的长度就是我们最后的测序数据量(碱基数),即为60M*150=9G的碱基数。

 

所以我们以后再说RNA-seq的测序数据量时就可以说测了多少的cluster,根据cluster的数目就可以计算出最后的碱基数。千万不要再说RNA-seq的测序深度了。

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