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作者：小丫  来源： 嘉因

最近最火的莫过于Cell上的一系列TCGA paper，新朋友可能对挖掘TCGA数据的工具感兴趣《TCGA，她已经用了七年 | 资深用户深度点评》。小丫最感兴趣的是下面这篇，因为它讲了enhancer：

接下来看结果图和主要结论

Figure 1. Overview of Enhancer Expression in TCGA RNA-Seq Data

等等，好像哪里不对

原来是核小体上缠绕的DNA方向画反了。

小伙伴儿拿出任大大的review：小丫你看，任大大就是这么画的。

Figure 2: Identification of regulatory SNPs.

出自Hawkins, R. D., Hon, G. C., & Ren, B. (2010). Next-generation genomics: an integrative approach. Nature Reviews Genetics, 11(7), 476-486.

咳咳，任大大也画反了。

正确的方向是这样画的：

Figure 1: Chromatin structure and DNA accessibility at genes.

出自Bell, O., Tiwari, V. K., Thomä, N. H., & Schübeler, D. (2011). Determinants and dynamics of genome accessibility. Nature Reviews Genetics, 12(8), 554-64.

Figure 2: Potential effects of histone modifications on histone–DNA and histone–histone interactions.

出自Tessarz, P., & Kouzarides, T. (2014). Histone core modifications regulating nucleosome structure and dynamics. Nat Rev Mol Cell Biol,15(11), 703-8.

各种角度的核小体，这篇paper的作者都没画错

Figure 1: Multiple levels of chromatin folding.

出自Fyodorov, D. V., Zhou, B. R., Skoultchi, A. I., & Bai, Y. (2017). Emerging roles of linker histones in regulating chromatin structure and function. Nat Rev Mol Cell Biol, 19(3).

核小体模式图方向混乱的问题，2009年就有人看不过去了，专门写了一篇：Lavelle, C. (2009). Left is right, right is wrong. Embo Reports, 10(11), 1185–1186.

Figure 1 Nucleosome chirality. Front and side views of (A) acanonical nucleosome (L-octasome), (B) an artefactual right-handed nucleosome, which shows how a simple mirror inversion also changes DNA chirality, and (C) a true reversome (R-octasome). Original nucleosome and reversome drawings kindly provided by Hua Wong.

为什么核小体喜欢左旋呢？

2015年的这篇Cell Reports揭示了机制：

出自Vlijm, R., Lee, M., Lipfert, J., Lusser, A., Dekker, C., & Dekker, N. H. (2015). Nucleosome assembly dynamics involve spontaneous fluctuations in the handedness of tetrasomes. Cell Reports, 10(2), 216-25.

其实不用那么复杂，搓过麻绳的都明白其中的道理

小伙伴儿一定记得DNA喜欢右旋

此图来自http://www.macmillanhighered.com/BrainHoney/Resource/6716/digital_first_content/trunk/test/hillis2e/hillis2e_ch03_2.html

右旋的DNA缠绕成核小体就喜欢左旋啦！拿根绳子，一直向右拧，拧到绳子自动扭回来时，一定是左旋的，小丫献出手机充电线：

再回来看麻绳：

此图出自http://www.azukaropes.com/tag/s-twist/

今天先到这吧～下期学习这篇enhancer paper。

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