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作者：小哈   来源：嘉因

同一miRNA家族的miRNA拥有共同的种子seed序列，分享共同的靶基因（不完全相同），因此，研究miRNA与protein-coding gene、lncRNA、circle RNA的调控关系时，都要check一下同一family的miRNA。

怎么知道谁和谁是一家？当然要查最权威的miRBase。

研究miRNA，大家都知道miRBase数据库，不仅有序列和位置信息，还能下载miRNA family，即miRNA家族信息。

下载miFam.dat文件，用记事本或写字板可以打开，推荐用Notepad++，文件长这样：

先有一行miRNA family ID，例如mir-17，下面都是mir-17家族成员。接下来是下一个家族名字及其成员。

我研究的是人的miRNA，只对人的成员感兴趣，需要按照家族把成员提取出来。小哈把人、小鼠、果蝇、线虫的家族整理好了，每个物种一个文件。

例如，人的miRNA（前两列）都属于哪个家族（后两列），一目了然：

被这篇帖子生信入门路 | 生物/医学人的生信启蒙忽悠入坑生信的小朋友，试着自己提取：

不懂生信，不装Linux，也能Run代码—Windows系统的Linux命令行工具Babun

在Babun里，运行下面的代码：

awk '{if($1=="AC"){ac=$2};if($1=="ID"){id=$2};if($1=="MI"){split($3,a,"-");if(a[1]=="hsa"){print $2,$3,ac,id}}}' miFam.dat >hsa.mir.txt

注意：复制粘贴的时候引号可能会变，如果变了，要把引号改回英文半角。

Have Fun ~