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以“人民的名义”宣布广泛靶向代谢组才是最新的代谢组学技术
专注代谢组学研究,近两年利用广泛靶向代谢组学新技术在Nat Genet、Nat Commun、PNAS、Plant Cell、Plant J、Mol Plant、Curr Opin Plant Biol等杂志发表论文多篇,代表着代谢组学研究最新发展方向。广泛靶向代谢组学技术,区别于现有代谢物检测方法,该技术平台建立了LC-MS/MS代谢物数据库,整合了非靶向和靶向代谢物检测技术的优点:
1.高通量: 同时检测1500+种代谢物;
2.高灵敏度: 通过离子井进行富集 可以检测到很多低丰度的次生代谢物,而非靶技术无法检测到低丰度物质;
3.定性准确:相比非靶技术,广靶利用分子量的同时利用二级谱进行物质定性;
4.重复性好:一般3个生物学重复就可以(我们的Nat Genet只有2个生物学重复),动物样本可以做4个生物学重复。而非靶需要8-10个生物学重复。
5.数据库全:每个物种都可以自建数据库,建立属于该物种特有的代谢库。
用广泛靶向代谢组学技术,仅仅以水稻同一份群体材料,就发表了6篇文章 总IF达到68.4分(下右图)
技术比较 这几篇文章的详解地址:http://mp.weixin.qq.com/s/-tv6xYmUlQemrk0Hc_14vg
同时我们进行水稻、玉米、大麦青稞、西瓜、苹果、桑叶、茶叶等物种进行了研究。研究的策略包括 重测序+代谢组;转录组+代谢组;转录组+植物激素检测;黄酮物质检测。
此外,在其他方面的研究还有:
1.微生物单菌基因组(细菌,真菌,藻类)+代谢组 挖掘物质新资源,
杂志:Scientific reports, IF=5,2
研究内容:微生物基因组+代谢组 挖掘 青黴菌(Penicillia)利用价值。
Grijseels S, Nielsen J C, Randelovic M, et al. Penicillium arizonense, a new, genome sequenced fungal species, reveals a high chemical diversity in secreted metabolites[J]. Scientific reports, 2016, 6
1)本文发现新真菌物种之后,首先通过基因组测序,分析其组成及分类地位;
2)确定其潜在功能之后,集中利用碳水化合物相关的数据库,对其潜在的酶生产能力进行研究;
3)同时结合基因组与代谢组数据,分析P.arizonense代谢产物丰富度,完成对其应用潜能挖掘。
2.环境微生物+代谢组 研究人体肠道健康
1)杂志:Gut microbiota, IF=14.9
研究内容:肠道微生物+代谢组学 研究运动员与宅男宅女的肠道代谢差异。
Title:The microbiome of professional athletes differs from that of more sedentary subjects in composition and particularly at the functional metabolic level
2)杂志:Nature Immunology, IF=20.1
研究内容:肠道菌群+代谢 研究I型糖尿病
题目:Gut microbial metabolites limit the frequency of autoimmune T cells and protect against type 1 diabetes
3)医学方面:转录+代谢 研究疾病
杂志:Scientific Reports IF=5.2
研究内容:代谢组学与转录组学 研究子宫颈癌
Yang, K., Xia, B., Wang, W., Cheng, J., Yin, M., Xie, H., ... & Fan, X. (2017). A Comprehensive Analysis of Metabolomics and Transcriptomics in Cervical Cancer. Scientific Reports, 7
4)医学方面: 疾病生物标志物biomaker的筛选
杂志:Nature IF=32
研究内容:发现前列腺癌重要标志物-肌氨酸
Sreekumar, A., Poisson, L. M., Rajendiran, T. M., Khan, A. P., Cao, Q., Yu, J., ... & Nyati, M. K. (2009). Metabolomic profiles delineate potential role for sarcosine in prostate cancer progression. Nature, 457(7231), 910-914.
5)中西药药效研究:确定药物药效,缩短临床时限,降低新药研发经费
杂志: Translational psychiatry, IF=5.5
研究内容:苏拉明能逆转成年老鼠的自闭症状。
题目:Naviaux, J. C., Schuchbauer, M. A., Li, K., Wang, L., Risbrough, V. B., Powell, S. B., & Naviaux, R. K. (2014). Reversal of autism-like behaviors and metabolism in adult mice with single-dose antipurinergic therapy.Translational psychiatry, 4(6), e400.
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