||
有些性状可以重复测量,例如身高,可以每隔半年测一次,也可以每天测一次,只要你不嫌烦这类多次测量的性状称为动态性状,也称经向性状(longitudinal traits)。动态性状在统计处理时以自身为对照,利于减少环境误差、提高统计效率(power)。畜禽遗传评估时经常遇到动态性状,例如奶牛产奶量、蛋鸡产蛋数、山羊绒长度、猪剩余饲料消耗、肉鸡体重。畜禽育种工作者的梦想就是改变这些重要经济性状的动态生长曲线。目前,随机回归模型结合BLUP法是成就育种工作者梦想的可行选择。
畜禽选育多针对复合性状,所以生产中很少用到单性状随机回归模型。两性状随机回归模型与多性状随机回归模型设置基本相同。下面列出wombat两性状随机回归语句,
#############################################################################
ANAL MRR 2 #设置分析模型 UNI=单性状,MUV=多性状,RR=随机回归,MRR=多性状。。。
PEDS R_bw.ped #系谱文件
DATA enew.dat GRP # 数据文件,GRP代表打包格式
TRNOS 1 2 # 性状编号
traitno
animal #个体号,wombat要求个体号为数字形式
year #批次
NAMES ew en #性状,指定ew和en两性状
age 66 #测定性状时年龄
sub 5555555 #个体号,用于永久环境分析
END #以上为数据描述
MODEL
FIX year #固定效应
cov afe(1) 2 #协变量
COV age(2,leg) #以二阶legendre多项式为协变量
RRC age
RAN animal(4,leg) nrm #设定加性遗传,四阶leg
RAN sub(4,leg) ide #设定永久环境
trait ew 1
trait en 2
END MOD
VAR animal 8 1 #设定加性遗传协方差矩阵初始值
8 1 1 1 1 1 1 1
7 1 1 1 1 1 1
6 1 1 1 1 1
5 1 1 1 1
2 1 1 1
16 1 1
2 1
2
VAR sub 8 2
8 1 1 1 1 1 1 1
7 1 1 1 1 1 1
6 1 1 1 1 1
5 1 1 1 1
2 1 1 1
12 1 1
2 1
2
VAR residual 1 HET 3 #设定残差初始值
32 32 0.5 0.13 2.5
33 36 5.3 0.31 2.9
37 40 3.6 -0.2 3.9
##########################################################################
选择wombat只是个人喜好。
单性状随机回归可以参考华南农业大学林老师博客:http://blog.sciencenet.cn/blog-1114360-830095.html
博主联系方式:guojun.yz@gmail.com
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-12-27 01:31
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社