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Singularity安装（Linux）
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1. 安装依赖(root权限)
Ubuntu系统： apt-get update -------------------- apt-get install -y \ build-essential \ uuid-dev \ libgpgme-dev \ squashfs-tools \ libseccomp-dev \ wget \ pkg-config \ git \ cryptsetup-bin | Centos系统： yum groupinstall -y 'Development Tools' -------------------------------------- yum install -y epel-release -------------------------------------- yum install -y \ libseccomp-devel \ squashfs-tools \ cryptsetup \ wget git |
2. 安装 GO 语言
singularity使用Go编写，需要安装Go。
在 https://golang.org/dl/ 下载合适版本的Go至~（用户家目录下）。并添加到环境变量中。 mkdir singularity cd singularity wget -c https://go.dev/dl/go1.20.linux-amd64.tar.gz ----------------------------------------------------- tar -C ~ -xzf go1.20.linux-amd64.tar.gz ----------------------------------------------------- vi ~/.bashrc 添加go路径：export PATH=$PATH:~/go/bin/ 更新source ~/.bashrc ----------------------------------------------------- 测试go版本：go version |
备注：singularity3.0以上的版本需要下载Go 1.13以上的版本。比如我下载了go1.20.linux-amd64.tar.gz。
3.安装singularity
下载地址：https://github.com/hpcng/singularity/releases wget -c https://github.com/apptainer/singularity/releases/download/v3.8.7/singularity-3.8.7.tar.gz tar -zxvf singularity-3.8.7.tar.gz ----------------------------------------------- 编译 cd singularity/ ./mconfig #配置安装路径，默认当前路径 make #编译 make install #安装（root权限） ---------------------------------------------- 测试singularity版本：singularity --version |
备注：
singularity实际路径： builddir/singularity
./mconfig --prefix=/opt/singularity 也可以安装到指定目录下，建议选一个空间足够大的
编译和安装需要时间较长，请耐心等待。
【参考】
1. 用conda、singularity来管理软件 (qq.com)
https://blog.sciencenet.cn/blog-994715-1391352.html
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