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如何用 PyMol 画 Molecule of the Month 风格的图

已有 6316 次阅读 2014-6-27 18:57 |个人分类:软件使用|系统分类:科研笔记| pymol

纯属娱乐


 


呃这些都太麻烦了还是画个简单的吧

打开文件、调整好颜色和角度、以sphere显示并打光:

完全不是一个世界的。一步一步来


1. set ray_trace_mode,  1

显示边缘黑线


2. set ambient, 1

环境光开到最大。只剩下每个圆球上的小点点了

3. set light_count, 1

对比原图

边缘黑线过多、过深

4. set ray_trace_disco_factor, 1

终于比较形似了

仔细比较可以看出,原图的颜色选用讲究得多... 就不在这里花时间了。


顺带附背景空白的方法:set ray_opaque_background, 0


参考:

http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/members/zbyszek/figures_pymol

http://www.pymolwiki.org/index.php/Ray_trace_mode#Modes

http://www.pymolwiki.org/index.php/Ray_opaque_background




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