荧光是一个极为敏感的技术，所以它是必须使用非常干净的比色皿，以避免污染与荧光物质的试管和玻璃器皿。去离子蒸馏水，石英比色皿可以使用，应避免使用塑料容器，因为他们可能会滤出荧光添加剂。此外，实验室的清洁剂通常含有强烈的荧光物质。荧光杂质很容易在实验时被识别。在水中，可以观察到的拉曼散射峰。它源于激励OAH振动模式的水分子，从而它是存在于所有水性溶剂。水的拉曼峰值弱，发生在一个恒定的频率的区别，而不是在一个恒定的激发光的波长差异。作为激发波长的函数的拉曼峰值的位置可以是参考价值。在280nm处激发后的拉曼峰值在310 nm处，发生因此重叠的发光光谱的芳香族氨基酸，特别是酪氨酸发射。所用溶剂的拉曼峰值应该总是分开计量，并从所测量的光谱中减去。至于吸收光谱中的杂质和灰尘颗粒，应避免多可能的和透明的缓冲液和溶剂应使用。一个单一的尘埃粒子的缓慢移动的光束，可引起严重的的荧光信号的扭曲。强烈建议测量连续搅拌过程中的荧光。搅拌使灰尘颗粒在快速运动从而最大限度地减少了信号的扭曲性的影响。搅拌下也提高了的比色皿中热平衡，这是重要的，关于温度的强的荧光的依赖。荧光的荧光基团浓度的增加而以线性方式只在非常低的浓度。在高浓度时的非线性引起影响。是激发光衰减由吸收的蛋白质和溶剂。这种衰减的程度，依赖于样品的吸光度在激发波长的，因此它可以在由移位变化激发波长。进一步衰减源于荧光的重吸收由蛋白质和溶剂分子的光。这种影响通常是小的，因为的蛋白质和溶剂超过300nm的吸收几乎是零。