注：直接和脂类或核苷酸结合的荧光分子、连有荧光分子的Aptamer或是连有荧光分子的FISH实验用探针，都可以代替抗体作为特异性识别的载体。

   从单个分子的定位精度而言，一般(d)STORM的荧光分子产生的光子数都是PALM中的10倍以上，这会大大提高定位精度。从标记密度而言，在PALM中，一个目标蛋白只带有一个荧光蛋白，这个荧光分子一般只有一次到有限几次机会被定位；而(d)STORM中，每个蛋白质可能被多个一抗标记，每个一抗又可能被多个二抗识别，每个二抗分子一般带有几个荧光分子，每个的荧光分子，一般都可以被定位十数次以上。在活细胞实验中，如果要追踪某个分子，这种多次定位是有益的；然后对于固定细胞实验，对同一个分子过多的定位次数并不值得追求（后面会提到，它降低了事实上的明-暗周期的值，以及标记密度）我们都是从荧光分子的定位来推断生物目标的位置，二者不能相聚太远，这就使得标记大小也成为值得考虑的因素。PALM实验中的光控荧光蛋白一般只有几个纳米的直径，而使用一抗和二抗的(d)STORM，加起来则有20nm以上。将荧光分子连在小分子上（例如Phalloidin），或是单链抗体（Fab’），可以减小这种影响。不过一般来说，这个因素不是最重要的。

遗传标记和dSTORM还可以结合起来，取长补短。例如在目标蛋白的序列中，加入很短的蛋白质序列，使其可以被FLAsH tag识别。加入的蛋白序列只有几个氨基酸长，对蛋白功能影响比普通的荧光蛋白（几百个氨基酸）小的多。FLAsH tag本身可以携带优质的荧光基团，实现(d)STORM精度的定位。这种方法特别适合活细胞的成像。类似的，Halo Tag、SNAP Tag或TMP tag也已经被作为遗传标记的载体用于dSTORM实验中。