openbabel pybel 仅仅支持32bit的软件。

而pymol 从1.8开始就不再支持32bit的。

因此必须使用1.7版本的pymol  才能联合使用pybel.

查看pymol中是用的python版本，比如我使用的是python2.5

单独下载python2.5编译器 我电脑是32位的

https://www.python.org/ftp/python/2.5.4/python-2.5.4.msi

然后下载对应pybel

http://iweb.dl.sourceforge.net/project/openbabel/openbabel-python/1.7/openbabel-python-1.7.py25.exe

安装pybel的时候定位到python2.5

然后把python2.5中的lib中site-packages 拷贝到pymol对应目录，就可以了。

C:Python25Libsite-packages

D:Program FilesPyMOLPyMOLpy25Lib

同理也可以把rdkit整合到pymol API中

通过读入文件写入文件实现不同模块中的object的转换。