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QMMM 最麻烦的就是找力场参数。
###---error---
Bondstretch undefined between atoms 5085 5086 BR-F [H,H] *
Bondstretch undefined between atoms 5085 5087 BR-F [H,H] *
Angle bend undefined between atoms 3490 3493 3528 CT-CT-O2 [L,L,L]
Angle bend undefined between atoms 3493 3528 3526 CT-O2-C [L,L,L]
###----error
当然你可以在UE中用正则来匹配,先后顺序无法考虑。总之这一步操作很繁琐。
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所以我创建了脚本,findfrcmod.pl
#使用说明
#non-corelist module
use Statistics::Basic qw(:all);; ##try ppm install Statistics::Basic;
use Inline::Files; ##try cpanm Inline::Files;
使用了2个非核心模块,所以使用前先安装这2个模块。
--------------------------------------------使用如下----------------------
#使用前参考压缩文件中文件格式
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这个脚本相比人工查找的优势:
当原子类型无法匹配的时候,采用原子匹配,
不是随机选择参数策略
而是选择平衡常数和晶体结构中接近的参数。
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GMT+8, 2024-10-20 11:14
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