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QMMM 自动查找力场参数

已有 3829 次阅读 2015-12-4 17:07 |系统分类:科研笔记

QMMM 最麻烦的就是找力场参数。


###---error---

Bondstretch undefined between atoms   5085   5086 BR-F [H,H] *
Bondstretch undefined between atoms   5085   5087 BR-F [H,H] *
Angle bend  undefined between atoms   3490   3493   3528 CT-CT-O2 [L,L,L]  
Angle bend  undefined between atoms   3493   3528   3526 CT-O2-C [L,L,L]

###----error

当然你可以在UE中用正则来匹配,先后顺序无法考虑。总之这一步操作很繁琐。

--------------------------------------------------------------------------

所以我创建了脚本,findfrcmod.pl

findfrcmod.zip


#使用说明

#non-corelist module
use Statistics::Basic  qw(:all);;  ##try ppm install Statistics::Basic;
use  Inline::Files;          ##try cpanm Inline::Files;

使用了2个非核心模块,所以使用前先安装这2个模块。

--------------------------------------------使用如下----------------------

#使用前参考压缩文件中文件格式


################

这个脚本相比人工查找的优势:

当原子类型无法匹配的时候,采用原子匹配,

不是随机选择参数策略

而是选择平衡常数和晶体结构中接近的参数。



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