在pymol中打开晶体复合物，

然后选中小分子，file---》save molecule--》sele--》ligand.pdb

用文本打开发现里面是有connect的信息的，

仔细一看，会发现这些connect是错误的，出现好多4键的情况。

但是在pymol中可以正常显示这些分子中的苯环，set  valence,1

pymol可能会自动添加键的信息。

在maestro中不能正确显示分子中的苯环，maestro应该是删除了所有的链接信息，但是没有自动添加链接信息

，你需要手动在tools--》assin bond orders，就会好了

然后再保存下分子就好了。

所以这一步一定不能少。tools--》assin bond orders，就会好了