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构效关系分析之相似性计算

已有 4053 次阅读 2014-9-24 13:53 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记

背景:

得到了一个苗头化合物后,对这个化合物进行衍生,购买大量相似性化合物,进行送样测试

得到活性数据后,一部分化合物是有活性的,另一部化合物是没有活性的。

我希望将有活性的化合物和苗头活性化合物进行相似性比较,重点不是看相似性得分,而是观察结构的差异;

我希望将有没有活性的化合物和苗头活性化合物进行相似性比较,重点不是看相似性得分,而是观察结构的差异;

我希望将有活性的化合物和没有活性的化合物进行相似性比较,重点不是看相似性得分,而是观察结构的差异;

工具:pipeline

方法:



我希望将有活性的化合物和苗头活性化合物进行相似性比较,重点不是看相似性得分,而是观察结构的差异;


在第一个componet中准备活性化合物,第二个里面准备苗头化合物。

我希望将有没有活性的化合物和苗头活性化合物进行相似性比较,重点不是看相似性得分,而是观察结构的差异;

step2

在第一个componet中准备无活性化合物,第二个里面准备苗头化合物。


我希望将有活性的化合物和没有活性的化合物进行相似性比较,重点不是看相似性得分,而是观察结构的差异;


在第一个componet中准备活性化合物,第二个里面准备非活性化合物。

得到的excel中没有非活性化合物的结构,你需要把非活性化合物对应的结构(来自于step2)贴上去,这样便于分析结果。







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