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如何批量提取分子的HOMO lumo的值

已有 8497 次阅读 2014-9-12 10:04 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记

如果需要显示HOMO LUMO 轨道, 电脑中需要同时安装Gaussian 和GView.







背景:

课题中被要求提取HOMO lumo的值

有人说从fchk(chk)中提取,又有人说可以从log中提取。

他们的做法是用gauss view打开fchk文件,或者log文件。

然后右击--》edit--》MOs,没必要选中任何原子,因为homo lumo是针对分子的而不是原子的。

我在chk文件中没有找到HOMO lumo的值,在log文件中找到了HOMO LUMO的值

方法

从log文件中自动提取HOMO lumo的值,主要是用正则表达式。


extractHOMOLUMO.pl


最新版

extractHOMOLUMO.pl





#!/usr/bin/perl -w

#usage:perl extractHOMOLUMO.pl   xxx.log
#author: dddc chen zhaoqiang
#blog: http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=950202




use strict;

$/=undef;
open FH,$ARGV[0];
#open FH,"1.log";
my $text=<FH>;

# Alpha  occ. eigenvalues --   -0.29762  -0.26789
#Alpha virt. eigenvalues --   -0.02175   0.00021   0.00256   0.00998   0.01628
 
if($text=~/.*Alpha  occ. eigenvalues .+?\s(\S+)\n\sAlpha virt. eigenvalues --   (\S+)/ms)
{
   
   print "homo ",$1," lumo ",$2;
}


###########批量提取log文件中的HOMO LUMO##################################

我建议把刚才的脚本放到环境变量PATH所在的目录中;

这样就可以把extractHOMOLUMO.pl当成linux中的一个命令使用,

for i in $(ls *log);do echo -n "$i ";extractHOMOLUMO.pl $i;echo "";done

##########################################################################



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