CSD 的一般使用方法

首先用conquest画一些原子和基团，然后设置一些限制比如角度距离

最后搜索

背景:两个分子相互作用的时候，这两个分子来自于剑桥数据库，我们期望通过QM计算后，得到的构型和剑桥数据库中的初始构型一致，但在不加限制的时候，直接计算，得到的构型和初始构型相差很大。

方法：

step1：打开Mercury（剑桥数据库配套的软件），在structure NAVIGATOR中搜索POMFIG,

然后点击菜单中的calculate-->packing and slicing-->通过扩展a，b，c的值，

大约扩展到3左右;最后保存为mol2文件。

step2:用pymol打开mol2文件，选中核心的两个分子，在途中标记为红色，然后modify找他4A以内的残基，

然后extract,最后再保存下。就得到了自己想要的东西。

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