autodataming的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/autodataming

博文

批量下载pdb

已有 6244 次阅读 2013-12-28 12:00 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记

不要使用linux的wget命令,

不要使用迅雷的新建url任务来下载,pdb.org 防止下载机器人

建议使用pymol的fetch来下载

http://www.pymolwiki.org/index.php/Fetch

fetch下载下来的文件都是小写的字母命名的,

如果要改成大写的,利用linux的tr和mv命令以及rename 命令

for i in $(ls);do newname=$(echo $i|tr 'a-z' 'A-Z');mv $i $newname;done

############

rename .PDB .pdb ./*

###############



https://blog.sciencenet.cn/blog-950202-753645.html

上一篇:如何下载cas已经知道的化合物的结构
下一篇:统计配体周围氨基酸的情况
收藏 IP: 202.127.19.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-11-20 11:44

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部