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sybyl中小分子的能量优化

已有 7861 次阅读 2013-11-13 09:41 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记| 分子, 批量, 能量优化

背景:chemdraw画的2d分子(带有手型信息),通过chem3D转成3D的mol2结构不够舒展(原子和原子的距离太近),再配体准备之前,可以先优化下。

minimize_energy.spl

方法:在linux系统下使用sybyl

mol2的分子放在一个新建的文件夹如rawmol2

把附件中的spl文件也存放到rawmol2文件夹中

然后再这个rawmol2文件夹下再新建一个文件夹mini,用于存放优化后的分子

在ranmol2文件夹下,启动sybyl,点击file --〉take commands 找到spl文件运行即可

 

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致谢

xzj师兄指导下完成



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