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从PDB数据库中下载配体中含苯环结构的复合物

已有 4906 次阅读 2018-1-8 15:48 |系统分类:科研笔记

Step1.

通过advance serarch 中的Smiles search找到所有该条件的配体编号。

注意得到PDB是复合物中含苯环的,大分子含苯环就满足条件。所以不可用。

Step2

通过advance search中的lig ids search 填写step1中的编号找到所有满足条件的PDB编号,就可以了。


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一步成功法:

Thank you for your email message.

     When you perform your search, please choose 'free' in the 'polymer      type' option (see attached) otherwise standard residues (e.g. Phe)      containing a phenyl group will be included.

Please let us know if we can be of additional assistance.

   Sincerely,

     Rachel Green





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