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弱相互作用汇总

已有 6890 次阅读 2016-11-22 21:56 |系统分类:科研笔记

1 盐桥 (salt bridge);

盐桥的距离大概是小于6埃。4A 就比较强了。

3kcal /5kcal/

In detail, SBs are treated as a contact between
NH/NZ in ARG/LYS residues and OE*/OD* in ASP/GLU AA。

K72---E91,PDB id: 1ATP;Fig 3

K带有正电荷,E带有负电荷。

盐键又称盐桥或离子键, 它是正电荷与负电荷之间的一种静电相互作用。


REF: R.  Roskoski  Jr.  /  Pharmacological  Research  100  (2015)  1–23

enter image description here


2. Hydrogen bond

氢键能量范围跨度也很大,0.2-40 Kcal/mol.角度一般大于90或者110度,距离d一般小于3或者3.2A。

X-H...A

O-H...O

距离d(HA) 1.2-2.2+/3.2

距离D(XA) 2.2-3.2+

角度90/110-180

氢键和卤键类似,受体可以是电负性原子或者PI 体系。PI的中心和node 都可以作为氢键的受体。


图片.png

Angew Chem Int Ed Engl. 2002 Jan 4;41(1):49-76.



3. Halogen bond

4. PI-PI

苯环中心距离小于6A,有各种构象。

平行 T L形状



4. PI...X



5. 双硫键 小于3A

#### 参考

  1. https://chemistry.stackexchange.com/questions/60113/salt-bridge-vs-hydrogen-bond




https://blog.sciencenet.cn/blog-950202-1016205.html

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