创建一个pseudoatom, 这时候可以参考pymolwiki 上面的

http://www.pymolwiki.org/index.php/Pseudoatom

如果要创建一个 pseudoatoms object，

我推荐用这种方法

from pymol import cmd
from chempy import Atom, models

model = models.Indexed()

for x in range(20):
    for y in range(20):
        for z in range(20):
            atom = Atom()
            atom.coord = [x,y,z]
            model.add_atom(atom)

cmd.load_model(model, 'fake')

当然，你也可以创建xyz 文件来间接实现。

# in PyMOL, start a python block python # no boding on load cmd.set("connect_mode", 1) # open a file f = open("fake.xyz", 'wb') # write a tiny header f.write("8000n"); f.write("FAKEn") # write the 20x20x20 box i=0 for x in range(20): for y in range(20): for z in range(20): f.write("Ct%ft%ft%fn" % (x,y,z)) f.close() # load the fake XYZ file cmd.load("fake.xyz") # end the python block

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