本文主要是依照个人经验而谈，在学习工作中经常碰到一些重复性劳动，若是能有一批可靠的程序来实现，那就善莫大焉了。如果大家能推荐已有的好软件，那是最好了。

第一类是进行参数拟合的软件，在利用常微分方程对生物系统进行建模的时候，经常会碰到调节参数这样的问题。对于一个系统，通常会有要调节的目标，要么是让系统在不同输入条件下的输出和实际数据吻合，要么是让系统某些变量的动态变化符合实际情况，凡此种种。而对于参数，某些参数可能是实验中已测得的，范围比较固定，也有一些是自由参数，调节这些自由参数就可以使得系统趋向于真实的表现。这看起来是有些枯燥而且随意的工作，但其实是有意义的。在可调参数较少而拟合目标合理的情况下，这样得到的系统是能够较好地反映实际生物体系的情况的。现在有不少软件其实集成了这种功能，但我还没有发现做的比较易用的，碰到需要都是自己手工调节，其实是手动的模拟退火，一个一个参数的调节，和有些代谢工程的优化工作有点相似，十分费时费力。

第二类是分岔分析的软件，这和我们的工作背景有关系。分岔分析是非线性动力学中比较基本的技术。对于非线性系统，一般存在一定数目的稳态，而在参数变化时稳态的变化，包括稳态的产生和消灭，就对应着动力学系统的分岔。搞清了系统的分岔行为，其实就搞清了系统在不同条件下的宏观行为。能够进行分岔分析的软件，其实就是能够在参数变化，包括单参数变化和参数联合变化时，跟踪系统稳态变化的软件。这种软件不是没有，我们组比较熟悉的有一个XPPAUT，是某个大学开发的，但界面不太友好，而且对高维系统比较乏力。

第三类是图像处理软件。举一个例子就是很多做荧光显微镜实验的人都会碰到的问题，就是查细胞的问题，这部分还是各人各扫门前雪的状况。在荧光显微镜下，细胞可以被逐个分辨出来，并且可以检测细胞荧光表达随时间的变化。但如何自动化地读取有关细胞荧光的数据，这就是很大的问题。第一个是要让程序能够将细胞分辨出来，然后独出对应像素的值，对于简单的单细胞生物这能做到，但细胞还有结构，对于真核细胞，有些时候蛋白要进核出核，核内核外浓度不一样，这有多一层问题。对于动物细胞更加麻烦，有时细胞形状不规则，边界就不清楚，程序编到半自动化，还要人去告诉那里有细胞。第二，如果涉及动态观察，如何追踪细胞。甚至对于一些生长周期比较快的，如芽殖酵母，如何确定“母子关系”，这些都是问题。对于这个问题，国内国外不少大组有自己的软件，但没什么统一的广泛使用的程序。