workshop-08.pdf

晶体.pdf

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ssh pub@59.72.115.27     password:612509

一  【占节点】

1. 不可以一直占着节点不做计算

2. 比如我在三号机上最多可以提3个任务，那么我占两个节点比较合适，另外一个可以正常提

3. 有个占节点的脚本，正常提交上去 :qsub zhanjiedian就可以了

4. showq 看下所有的任务，找到提交占节点的那个任务，记下任务号，比如13764

5. qstat -n 13764, 看下是哪个节点

6. 登录节点：ssh compute-0-15 =ssh node15

7. 建个文件夹，准备输入文件
   

8. 提交任务：

   ./calypso. >out &

   nohup sh opt.sh  > out.log（输出文件名） &（后台运行）

   mpiexec -n 8 /share/apps/vasp/bin/vasp5.2 > log &

9. 看任务：top

   看完退出:Ctrl+c
   

10. 杀任务：直接按k，然后输入任务号

11. 【在节点上杀任务】

      k +任务号，然后再点下任务号。就杀掉了。
    

         ps -aux（查看进程）|grep k.sh  （|的输入方式：Shift+Backspace下边的、号键） 

         qdel 13764(任务号)

         kill 13764

         top 验证已经杀掉

二 POSCAR转成cif

在CALYPSO 的results 里

mv POSCAR CONTCAR

pos-cif.x(要首先把这个copy到自己的目录里)

按照提示输入2　Ｍｏ　Ｈ（以ＭｏＨ_２为例）

【优化时用的POSCAR是从cif 转来的】cif 转成POSCAR

在dir_0.1 中,cif2pos.py 1_129.cif

三　优化

论坛

在CALYPSO 中，cd  results

CALPSO_ANALYSIS.py(产生Analysis_Output.dat文件)  对称性精度0.1即可

CALPSO_ANALYSIS.py -n20 --cif(产生dir_0.1文件夹)

cd dir_0.1

vim 1_129.cif

复制到桌面上，便可导入MS

cd dir_0.1

vi UPOSCAR_1_69(转成cif)

把结构倒进MS里，用不用精度看，看空间群是否变

四 安装vasp

复制文件夹

make clean

make

五 改简称

vim bashrc

.. bashrc

六 比较乱……

1. tools  INCAR 1 2 3  POTCAR

   input.dat submit.sh vasp.pbs

2. :wq  =  ZZ

   
   

3. 看邮件: vim  路径

4. 看算完的带的结果： 在results里 vim  best_step

5. 看任务是否结束：vim OUTCAT_max

   G，看结尾处是否有cpu*

6. 提取结果： grep "energy  (两个空格)without entropy" OUTCAR*

                 grep entropy OUTCAR*

7. 结构预测 $\rightarrow$ 测试ecut 和KPOINTS $\rightarrow$ 优化 $\rightarrow$ 算性质（DOS  DEF）

8. 优化即跑VASP，通常需要做各个压力点下的，所以通常用opt.sh

    【我是在100 GPa下预测的结构，优化了0~100GPa的。在opt.sh的脚本中，压强要写成：1000 900 800 700 600 500 400 300 200 100 0】

9. 3好机上有学习资料：apps/ Readme.txt

10. 1,3,4号机之间复制文件：scp fxl@192.168.8.3(几号机上的文件就是几，这里是3号机上的文件)：路径/文件名 路径（要存放的目录）

12. cp vasp.pbs submit.st INCAR* Str 放在一个文件夹里

     cd Str

    make clean

    clean

13. 中国知网：从图书馆进入，db0146   jndx

14. du -h  看文件大小

    du -hs 整个文件夹大小

15. 查找下载文献的网址

    http://libgen.org/scimag/?s=Bilayer+graphene%3A+A+little+twist+with+big+consequences
    

    
    

七  CALYPSO

输入文件：INCAR INCAT_123 input .dat  {lagp=2}  Tools/* Calypso.x{版本更新只是这个变了} submit.sh

节点上提：nohup ./calypso.x >log &

八。关于提交任务

1. ./calypso.x 是进主节点提任务，不能这么干！

2. 有时把任务提上需要排队，为了保证你提上的任务是可行的，避免浪费排队时间，可以先在主节点上提下（./calypso.x），看是否能跑，然后赶快杀掉（Ctrl+C）,最后top下，确认杀掉了。接着就可以正常提任务了（qsub ……）
   

3. 提任务要qsub caly.pbs      。其中 caly.pbs的最后一行是./caly.pbs

   
   

九 calypso结果分析（参见附件：workshop 08  晶体.pdf）

cd results

cak.py -m 0.01 0.1 0.5使用多个精度分析对称性

cak.py --cif --vasp -m '0.01 0.1 0.5'  可直接读出空间群

cak.py -n 9 --cif 把前9个结构转为cif文件

把cif复制到桌面上便可导入MS看结构：

从3号机上复制到桌面上：scp -r -P4444 fxl@10.60.36.168:/home/fxl/MoH1/MoH1-20-4/results/dir_0.1/ .

* INSTALL

需要事先安装 numpy
make

会在当前目录生成 caly.sh ，你需要 source caly.sh, 或者在 ~/.bashrc 文件里加入 source path-of-calypso_analysis/caly.sh

* USEAGE

执行 CALYPSO_ANALYSIS.py 默认以精度 0.1 输出前 50 个结构的信息，结果在 Analysis_Output.dat 文件里，这是并不输出任何 cif 或 POSCAR 文件。

CALYPSO_ANALYSIS.py 的相关参数：

-a 输出所有机构

-n N 输出前 N 个结构

-t r 以精度 r 分析对称性，不建议大于 0.2

-m 'r1 r2 ... rn' 分别以精度 r1, r2, ..., rn 分析对称性，比如
CALYPSO_ANALYSIS.py -m '0.001 0.01 0.1 0.2' 则分别以精度 0.001, 0.01, 0.1, 0.2 分析对称性

--pri / --primitive 输出原包结构

--cif 输出 cif 文件，文件名为 序数_空间群号.cif (单包) 序数_空间群号_p.cif (原包) , 文件在 dir_精度 目录下

--pos / --poscar 输出 POSCAR 文件， 文件名为 UPOSCAR_序数_空间群号 (原包) PPOSCAR_序数_空间群号 (单包) 文件在 dir_精度 目录下

--ori / --origin 输出原始计算结果的 POSCAR / cif 文件, 文件在 dir_origin 目录下