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（转）生物信息数据库-----学习一下
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综合数据库
INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护
EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库
http://www.ebi.ac.uk/embl.html
GenBank ，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/
DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）
http://www.ncgr.org/gsdb/
TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）
http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html
三．DNA序列和结构数据库
包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子
BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库
http://www.biosino.org/
CUTG,密码子使用频度表
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）
http://www.epd.isb-sib.ch/
TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC
TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
OOTFD,转录因子和基因表达数据库
http://www.ifti.org/
RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库
http://www.girinst.org/~server/repbase.html
MicroSatellite,微卫星重复序列数据库
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段
http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)
Simple Repeats,简单重复序列库
http://ncbi.nlm.nih.gov/
COMPEL,复合元件数据库
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)
MPDB,分子探针数据库
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库.
http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物.
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)
Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列.
http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/
HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库.
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database).
http://www.cme.msu.edu/OPD/
dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)
dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)
AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB
HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)
http://acnuc.univ-lyon1.fr/
ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)
DNA结构参数库.
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点.
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/
SELEX_DB,随机化序列库.
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
ASDB,交替剪接基因的数据库.
http://hattrick.lbl.gov:8888/
Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/
IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
EID,外显子、内含子数据库
http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/
ExInt,外显子、内含子数据库
http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html
NDB,核酸晶体结构数据库
ftp://ndbserver.rutgers.edu/
http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
VectorDB,载体数据库
http://vectordb.atcg.com/
Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)
四．RNA序列和核糖体数据库
五．基因图谱数据库
Rhdb,辐射杂交数据库
http://www.ebi.ac.uk/RHdb
http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)
Mouse RH数据库
http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/
GDB,人类基因组数据库
http://www.gdb.org/
ftp://ftp.gdb.org/
GeneMap’99,人类基因图谱1999年版
http://www.ncbi.nih.gov/genemap/
HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)
六.人类基因组数据库（省）
七．其他物种基因组数据库
DOGS，基因组尺寸数据库
http://www.cbs.dtu.dk/
GenBank的/genomes/子目录：
ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/)
http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes
8.拟南芥基因组
MATDB,国际拟南芥基因组计划的数据汇总
http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/
AtDB,拟南芥基因组数据库
http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/
ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/arabidopsis)
DatA,拟南芥基因组注释库
http://luggagefast.Stanford.edu/group/arabprotein/
TAIR,拟南芥信息资源
http://www.arabidopsis.org/
AGR,拟南芥基因组资源
http://synteny.nott.ac.uk/agr/agr.html
TIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列数据库
http://www.tigr.org/tdb/at/at.html
https://blog.sciencenet.cn/blog-88947-209868.html
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INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护
EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库
http://www.ebi.ac.uk/embl.html
GenBank ，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/
DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）
http://www.ncgr.org/gsdb/
TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）
http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html
三．DNA序列和结构数据库
包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子
BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库
http://www.biosino.org/
CUTG,密码子使用频度表
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）
http://www.epd.isb-sib.ch/
TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC
TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
OOTFD,转录因子和基因表达数据库
http://www.ifti.org/
RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库
http://www.girinst.org/~server/repbase.html
MicroSatellite,微卫星重复序列数据库
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段
http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)
Simple Repeats,简单重复序列库
http://ncbi.nlm.nih.gov/
COMPEL,复合元件数据库
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)
MPDB,分子探针数据库
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库.
http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物.
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)
Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列.
http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/
HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库.
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database).
http://www.cme.msu.edu/OPD/
dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)
dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)
AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB
HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)
http://acnuc.univ-lyon1.fr/
ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)
DNA结构参数库.
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点.
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/
SELEX_DB,随机化序列库.
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
ASDB,交替剪接基因的数据库.
http://hattrick.lbl.gov:8888/
Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/
IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
EID,外显子、内含子数据库
http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/
ExInt,外显子、内含子数据库
http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html
NDB,核酸晶体结构数据库
ftp://ndbserver.rutgers.edu/
http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
VectorDB,载体数据库
http://vectordb.atcg.com/
Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)
四．RNA序列和核糖体数据库
五．基因图谱数据库
Rhdb,辐射杂交数据库
http://www.ebi.ac.uk/RHdb
http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)
Mouse RH数据库
http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/
GDB,人类基因组数据库
http://www.gdb.org/
ftp://ftp.gdb.org/
GeneMap’99,人类基因图谱1999年版
http://www.ncbi.nih.gov/genemap/
HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)
六.人类基因组数据库（省）
七．其他物种基因组数据库
DOGS，基因组尺寸数据库
http://www.cbs.dtu.dk/
GenBank的/genomes/子目录：
ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/)
http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes
8.拟南芥基因组
MATDB,国际拟南芥基因组计划的数据汇总
http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/
AtDB,拟南芥基因组数据库
http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/
ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/arabidopsis)
DatA,拟南芥基因组注释库
http://luggagefast.Stanford.edu/group/arabprotein/
TAIR,拟南芥信息资源
http://www.arabidopsis.org/
AGR,拟南芥基因组资源
http://synteny.nott.ac.uk/agr/agr.html
TIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列数据库
http://www.tigr.org/tdb/at/at.html
https://blog.sciencenet.cn/blog-88947-209868.html
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