三者相乘，大的让你无法想象！ 相对于第一种情况，第2、3种只是一个很小的数， 但第2、3种很重要。同种生物个体之间，DNA序列差别很小，主要有后二者来表现差异，调控基因表达的时空特异性。

     同DNA，不过要把核小体的分布换位稀有碱基的分布。而且RNA的长短更不均一，从几十nt到几千nt都很有可能，都不是小概率事件。

Number of fragments: 9096

而：

193948795/545388　＝　355.6162

即在数据库Swiss-Prot里面，蛋白质序列的平均长度为355, 考虑到有9096条序列是片段，而且有的蛋白质序列的信号序列已经被切除了，实际平均长度应该比355大一点。

假设平均每一条序列有50个氨基酸残基存在翻译后修饰(PTM), 又设修饰种类数为20（其实不止，请见PTM Statistics Curator）, 氨基酸种类数为22。从而蛋白质的种类数应该大于：

(355^22)*(50^20)

四、小分子和其它大分子

       脂类、糖类、有机和无机小分子，种类更多。不过，若两个细胞的DNA, RNA (mRNA and ncRNA), Protein是一样的，应该可以认为这两个细胞没有区别了。

       这涉及到细胞全同性(identical cells, cell identity)的定义，能否把DNA,　RNA (mRNA and ncRNA), Protein都分别一样的２个细胞定义为identical cells? 　若可以，应当允许多大程度的差异？　cell type 与cell identity的差异？

　　细胞中的各种分子都是相互关联的，以分子为节点，分子之间的相互作用为边，形成了一个复杂网络或图，　这个图应当是连通的。也就是细胞的自由度应当远远小于细胞中的分子种类数，所有的DNA,　RNA (mRNA and ncRNA), Protein的种类数大于细胞的自由度么？　细胞的control nodes可以只是DNA,　RNA (mRNA and ncRNA), Protein；　而不包含其它分子么？　若可以，那就可以用DNA,　RNA (mRNA and ncRNA), Protein的活性、浓度和亚细胞定位（在细胞中的位置分布）来完全表示一个细胞了。

所以说，以下几个问题是等价的：

1.   细胞的完全表示问题？

2.   细胞的control nodes?

3.   细胞的最小自由度？　（当然，没必要也没可能找到最小，小到一定程度就可以了！）

4.   identical cells　或　cell identity　的定义，若定义恰当了，就可以考虑细胞的全同性原理（identity principle of cells），就像量子力学中的微观粒子的全同性原理（identity principle of microparticles）。